一、与大豆疫霉根腐病抗性基因Rps1-c连锁的分子标记研究（论文文献综述）
孙菲菲[1]（2021）在《豇豆疫霉致病力分化及基因组特征分析》文中研究说明绿豆是我国主要的杂粮作物之一,因具有较丰富的营养物质、良好的保健作用、生育期短、固氮肥地等特点而在我国广泛种植。病害一直是造成绿豆减产的重要原因。近年来随着全球气候变化、种植业结构的调整以及种植品种的单一化,绿豆上病害不断加重。绿豆疫霉茎腐病是近几年在安徽省明光市新发现的一种病害,随后在田间病害调查中相继在湖北、江苏等地也观察到该病害的发生。本研究通过形态学比较、系统发育分析及寄主范围鉴定,明确引起绿豆疫霉茎腐病的病原菌豇豆疫霉的寄主专化性;通过对3个豇豆疫霉专化型基因组测序组装及比较分析,从分子水平明确三个专化型之间的差异;通过开发SSR标记,对豇豆疫霉绿豆分离物进行遗传多样性分析,并开发出能够有效区分豇豆疫霉不同专化型的特异性标记;通过抗病品种筛选,建立一套鉴别寄主进行豇豆疫霉绿豆专化型致病力差异分析,明确其致病型,主要的研究结果如下:1.将引起绿豆疫霉茎腐病的病原菌豇豆疫霉鉴定为新的专化型,豇豆疫霉绿豆专化型（Phytophthora vignae f.sp.mungcola）:通过对从安徽省明光市、安徽省合肥市、湖北省武汉市和江苏省南京市分离得到的20、23、5和6个分离物与豇豆疫霉豇豆专化型和豇豆疫霉小豆专化型进行形态学比较、部分生物学特性分析、致病性测定及多基因系统发育分析,将绿豆分离物鉴定为豇豆疫霉。寄主范围测定结果表明,豇豆疫霉绿豆分离物对绿豆和小豆均具有致病性,豇豆疫霉豇豆专化型分离物和小豆专化型分离物仅对各自的寄主豇豆和小豆致病,表明绿豆分离物与豇豆疫霉其它两种专化型具有不同的寄主范围,命名为豇豆疫霉绿豆专化型。2.初步完成豇豆疫霉3个专化型的基因组组装,分析到3个专化型在效应蛋白及基因家族方面存在差异:通过对豇豆疫霉绿豆专化型PVMG4、小豆专化型Pa V1和豇豆专化型Pc V2进行de novo测序组装,得到基因组大小分别为89.9 Mb、84.5 Mb和84.0 Mb。对基因组中与致病性相关的效应蛋白进行预测,共从PVMG4、Pa V1和Pc V2中分别预测到207、187和194个含有RXLR基序的效应蛋白。对这些蛋白进行分类分析发现,在PVMG4中存在120个特有的候选效应蛋白,这可能与豇豆疫霉绿豆专化型特有的致病性相关。基因家族分析显示PVMG4、Pa V1和Pc V2中共鉴定到121、34和47个特有的基因家族。基因组共线性表明三个专化型之间虽然共线性较好,但也存在大量的结构变异（染色体易位和染色体倒位）和Indel差异。结合这些差异位点和效应蛋白进行分析,可以更好的解析豇豆疫霉寄主专化性的形成机制。另外,系统进化和共线性分析均表明豇豆疫霉豇豆专化型和豇豆疫霉小豆专化型亲缘关系更近。3.开发了豇豆疫霉基因组SSR标记,解析了豇豆疫霉绿豆专化型的遗传变异:通过对豇豆疫霉全基因组微卫星位点发掘和多态性引物的筛选,获得了12对具有代表性的多态性标记用于豇豆疫霉的遗传多样性分析。通过UPGMA聚类发现,在遗传相似系数为0.59时54个豇豆疫霉绿豆专化型分离物被分为3个类群,表明分离物之间存在较丰富的遗传多样性。另外,开发出一个标记能够将豇豆疫霉豇豆专化型、豇豆疫霉小豆专化型和豇豆疫霉绿豆专化型进行区分。4.筛选出抗绿豆疫霉茎腐病品种,建立了一套用于豇豆疫霉绿豆专化型生理分化研究的鉴别寄主:对288份绿豆品种和资源进行抗性鉴定,筛选获得到17份抗病材料和25份中间型材料。通过对筛选到的抗病品种进行遗传背景及抗性稳定分析,建立了包括潍绿6号、郑8-4-6、冀绿0816和鄂绿1号共4个抗病品种作为豇豆疫霉绿豆专化型鉴别寄主。利用鉴别寄主对54个豇豆疫霉绿豆专化型分离物进行致病力分化研究,鉴定到3个致病型（或生理小种）,其中pathotype 1包含29个分离物,17个分布在安徽明光,占比58.6%,为该地区的优势致病型。Pathotype 2包含22个分离物,17个分布在安徽合肥,占比77.3%,为该地区的优势致病型。Pathotype 3仅包含江苏南京的其中3个菌株:PVNJ-2、PVNJ-3、PVNJ-6。综上,在本研究中我们将引起绿豆疫霉茎腐病的病原菌豇豆疫霉鉴定为新的专化型,豇豆疫霉绿豆专化型。通过对3种豇豆疫霉专化型分离物的基因组测序和组装结果分析,在豇豆疫霉绿豆专化型中鉴定到120个特有的效应蛋白,这可能与其寄主专化性的形成相关。进一步对豇豆疫霉绿豆专化型基因组开发标记,筛选到能够有效区分豇豆疫霉不同专化型的特异性标记。最后通过抗性筛选,建立了一套能够用于豇豆疫霉绿豆专化型致病力分化研究的鉴别寄主,将54个分离物划分为3种致病型。上述结果为豇豆疫霉绿豆专化型的寄主特异性研究奠定基础。
王帅[2]（2020）在《东北地区大豆抗疫霉根腐病资源鉴定及抗病基因关联分析》文中指出大豆疫霉根腐病是大豆的主要病害之一,在我国有逐渐加重趋势,已有研究表明,利用抗病品种是预防该病最经济有效的方法,为了有效地利用抗病资源和开展抗病育种工作,本研究利用大豆疫霉菌1号生理小种对我国东北地区主要栽培大豆进行抗性评价和鉴定,并用多个模型对抗性性状进行全基组关联分析,定位抗性位点,同时整合国内外已有大豆疫霉根腐病抗性相关的QTL并进行Meta分析,与关联分析结果作对比。另外本研究还利用SSR标记对东北地区大豆疫霉根腐病抗性品种进行了遗传多样性分析,进一步明确其遗传背景,为大豆抗病育种打下基础。主要研究结果如下:1、收集2000-2018年间国内外文献报道的74个有关大豆疫霉根腐病抗性相关的QTL,利用Biomercator2.1软件进行Meta分析,得到12个与大豆疫霉根腐病抗性相关“真实”QTL,分布在D1b、C2、A2、F、E、G6个连锁群上,平均置信区间由原始图谱的15.1cM降低到4.18cM。其中有5个“真实”QTL图距小于1cM的,最小的图距仅有0.10cM。2、利用下胚轴创伤接种法对350份大豆资源进行大豆疫霉根腐病1号生理小种抗性鉴定,研究结果表明,在349份有效供试材料中,共有79份表现为抗疫霉根腐病,各个省份中抗病型比例辽宁省最高,吉林省次之,黑龙江省最低。3、利用6种多位点混合模型方法以及广义线性模型（GLM）方法对大豆疫霉根腐病抗性性状表型观测值进行关联分析,分析结果显示6种多位点混合模型方法在LOD≥2.5的水平下,共检测到13个显着性相关的SNP标记,显着的SNP标记对应的LOD值的范围为2.5047-5.8779,可解释1.48-14.66表型变异。通过对贡献率最高的两个SNP位点下游各130kb内已注释的基因进行分析,初步预测了 Glyma.16g193900、Glyma.07g033300和Glyma.07g034300等3个与大豆疫霉根腐病相关的候选基因。4、将经过Meta分析后得到的“真实”QTL左右标记与通过6种多位点混合模型方法关联分析检测到的13个SNP位点位置进行比对,发现ss715583364和ss715596934这两个SNP位点与一致性图谱中的2个QTL位置相近。5、为了进一步明确东北地区大豆疫霉根腐病抗性品种间的遗传背景,利用35对SSR标记,对60份东北地区大豆疫霉根腐病抗性品种进行了遗传多样性分析,共检测到189个等位基因,平均每个位点等位变异数5.4个,多态性信息含量指数（PIC）为0.1550～0.8195,平均为0.6636;遗传相似系数的变异范围为0.31～0.74。采用NTSYS2.10基于遗传距离的聚类分析,将60份抗性材料分为7个类群,其中有78.33%的抗性品种（系）的相似系数在0.45～0.74间,表明遗传差异相对较窄,品种间遗传多样性水平较低。聚类分析与群体遗传结构分析结果有部分重合,均反映出不同地区的抗性材料间存在一定的渗透和交流。
张雪翠[3]（2020）在《大豆抗疫霉病基因鉴定》文中研究表明由大豆疫霉（Phytophthora sojae）引起的大豆疫霉病是影响世界大豆生产的毁灭性病害,在我国有蔓延趋势。利用抗疫霉病的大豆品种是控制该病害最有效、经济和环境友好的策略。1.大豆品种郑97196是当前黄淮海地区主要大豆栽培品种之一。该品种对大豆疫霉具有广谱的抗性,前期在郑97196的3号染色体上鉴定了一个抗疫霉病基因RpsZheng。本研究的目的是验证并精细定位大豆抗疫霉病基因RpsZheng。以Williams和郑97196杂交衍生的188个F2:3家系为作图群体,基于抗疫霉基因RpsZheng的初定位结果,用大豆3号染色体上的SSR标记构建RpsZheng遗传连锁图,获得与RpsZheng紧密连锁的侧翼SSR标记SattWM82＿39（2.5 cM）和BARCSOYSSR＿03＿0269（1.0 cM）。基于亲本郑97196和Williams间全基因组重测序数据在RpsZheng定位区间内鉴定和开发具有多态性的InDel标记,进一步将RpsZheng定位区间缩小至105.2 kb,通过检测RpsZheng候选区域内共分离标记的特异性,获得了能够有效检测RpsZheng的分子标记WZInDel11。为了进一步验证WZInDel11的特异性,利用该标记在226个已知抗疫霉病表型的大豆品种中进行检测,结果显示该标记可有效用于分子辅助选择育种和抗病基因功能研究。2.河南省为我国大豆主产区,具有大豆疫霉发生的潜在威胁。本研究对河南省新育成的大豆品系进行抗疫霉病鉴定和抗病基因分子标记检测,以明确大豆新品系的抗性水平和抗病基因,为病害防控和抗病品种的选育提供参考。用下胚轴创伤接种法对64个河南省培育的大豆新品系进行接种,鉴定其对2个具有不同毒力的大豆疫霉分离物PsJS2和Ps41-1的抗性。结果显示,对分离物Ps41-1和PsJS2抗病的分别有30个和15个品系,对Ps41-1和PsJS2为中间反应型的分别有23个和11个品系,其中对2个分离物均抗病的有15个品系,占鉴定品系的23.4%。利用抗疫霉病基因RpsZheng的共分离标记WZInDel11进行基因型鉴定。结果显示,对2个大豆疫霉分离物均表现抗病的15个大豆品系中有13个含有标记WZInDel11,有4个抗分离物Ps41-1而对PsJS2表现为中间反应的大豆品系漯8825、驻豆37、泛豆22、郑15234以及对2个大豆疫霉分离物均表现为中间反应的大豆品系漯豆8816,分子检测结果表明它们为杂合基因型。综合系谱分析结果,在检测到含有RpsZheng标记WZInDel11的18个品系中,漯8825和漯豆8816含有抗疫霉病基因RpsZheng,郑15234和洛豆16106含有抗疫霉病基因RpsYD29,其他14个品系可能含有抗疫霉病基因RpsZheng或等位基因。本研究结果表明河南地区培育的新大豆品系中含有优异的大豆疫霉病抗源,该研究结果将为病害防控和抗病品种的选育提供参考。
昝凯,季珊珊,陈亚光,周青,张志民,杨慧凤,王凤菊,郭海芳,李明军,徐淑霞[4]（2019）在《大豆抗疫霉根腐病基因研究进展》文中研究指明大豆疫霉根腐病是由大豆疫霉菌侵染引起的对大豆生产有严重危害性的病害。大豆疫霉菌抗药性强,且其毒力演变和进化较快,在生产上较难防治,目前选育和利用抗病品种是防治大豆疫霉根腐病最经济有效的方法。本文作者就大豆疫霉根腐病抗性基因定位的研究进行综述,以期为大豆育种工作者开展大豆抗疫霉根腐病育种时提供参考。
刘念析,陈亮,厉志,刘宝泉,刘佳,衣志刚,董志敏,王曙明[5]（2019）在《大豆抗病分子标记的研究进展》文中研究表明大豆（Glycine max L.）病害是影响大豆产量和品质的重要因素之一,随着大豆全基因组序列的公布,以SNP为代表的新一代分子标记技术使大豆抗病分子标记辅助育种得以快速发展。本文综述了2010年以来研究者们对大豆抗性基因的定位方法、抗病基因的定位、候选基因的筛选及鉴定等所取得的新进展,并结合当前大豆抗病分子标记的现状提出了新的发展方向,为进一步探究相关抗病基因的功能及分子育种提供理论参考。
竹龙鸣[6]（2018）在《大豆对大豆疫霉菌侵染响应的转录组学和代谢组学研究》文中提出大豆[Glycine max（L.）Merr]广泛栽培于世界各地,是重要的粮食作物之一,同时也是重要的植物蛋白质来源及食用油的原料。大豆种植过程中经常因为病害导致产量损失,品质降低,从而导致经济损失。其中大豆疫霉根腐病（Phytophthora root rot,简称PRR）是最严重的病害之一。大豆疫霉根腐病是由土传卵菌大豆疫霉菌（Phytophthora sojae Kaufmann&Gerdemann,简称P.sojae）引起的具有毁灭性的病害,在世界各地大豆种植区广泛发生,造成大量的经济损失。利用抗耐品种是防治大豆疫霉根腐病最有效最环保方法。为此研究人员进行了大量的抗源筛选和抗性基因发掘工作并定位到了大量抗性基因（Rps）旨在培育新的抗病品种。然而,对于已定位到的Rps基因的分离克隆、Rps基因介导的分子抗病机制、育种应用等研究还尚少。了解Rps基因介导的分子抗病机制能够为后续的功能研究工作指明方向并为育种工作提供新的思路从而加速育种进程,同时也利于克服完全抗性基因有效时间短、可能造成减产等局限性从而培育具有更持久更光谱抗性且稳产的品种。本研究利用RNA-Seq和GC-MS技术平台,对两种对大豆疫霉菌具有不同抗性的大豆材料:南农10-1（抗病材料,R）和06-070583（感病材料,S）经大豆疫霉菌株JS08-12不同时长（12 h和36 h）侵染后的转录组和代谢组响应进行了探索。其中抗病材料南农10-1中包含完全抗性基因RpsJS。转录组和代谢组分析可能发掘到抗病相关基因和潜在的抗性物质,同时能够为探索RpsJS基因介导的分子抗病机制奠定基础。本研究主要结果如下:1.RNA-Seq测序、抗病相关差异基因筛选及RpsJS候选基因表达分析利用RNA-Seq测序平台我们构建了感抗大豆材料受不同时长大豆疫霉菌侵染后的基因表达谱,通过与相对应的样品对照基因表达谱进行比较共有9,809个基因的表达水平在大豆疫霉菌侵染后发生显着变化,S12比较组有822个差异表达基因（Differentially expressed gene,简称 DEG）（343 个上调表达、479 个下调表达）,S36 比较组有9,218个DEG（3,816个上调表达、5,402个下调表达）,R12比较组有69个DEG（45个上调表达、24个下调表达）,R36比较组有1,489个DEG（576个上调表达、913个下调表达）;通过比较抗感材料的基因表达谱发现2,077个基因的表达水平在抗感材料间存在显着差异,RS12比较组有1,219个DEG（506个上调表达、713个下调表达）,RS36比较组有1,140个DEG（787个上调表达、353个下调表达）。通过对差异表达基因的GO、KEGG pathway富集分析,发现抗感两种材料在转录水平对大豆疫霉菌侵染的响应的差异主要体现在植物激素信号转导、植物-病原菌互作（涉及转录因子、抗病相关基因等）、物理防御、抗病物质代谢等方面;同时植物-病原菌互作、物理防御、抗病物质代谢等方面也是抗感材料间主要差异,这些方面可能是RpsJS介导的抗病机制的主要组成部分。对相关差异表达基因进行了整理发现ET、AUX和ABA信号转导途径,WRKY、ZFP、MYB和ZIP转录因子,病程相关蛋白如PR9、PR14和几丁质酶;角质层加固、细胞壁重构等可能是RpsJS基因介导的分子抗病机制的组成部分。RNA-Seq分析显示14个RpsJS候选基因中有10个候选基因具有表达水平;利用qRT-PCR对这10个候选基因进行进一步表达分析。结果显示RNA-Seq和qRT-PCR两种方法所得结果较为一致,尤其是表达变化趋势高度一致。其中3个基因:Glyma18g51930、Glyma18g51950、Glyma18951960在抗病材料中的表达水平显着高于感病材料中的表达水平,差异倍数在5倍以上;其余7个候选基因无论是在大豆疫霉侵染之后还是抗感材料间表达水平均无显着差异。这3个抗感材料间存在表达差异的候选基因注释均为Disease resistance protein RPP13/Arabidopsis thaliana,属于含有NBS-LRR结构的R基因。由此推测RpsJS基因极可能是含有NBS-LRR结构的R基因。2.GC-MS及潜在抗性物质筛选利用GC-MS平台,一共鉴定到了 311个代谢物,通过采用多维分析（O）PLS-DA和单维分析（t检验）发现118个代谢物在大豆疫霉侵染后呈现差异积累和/或在抗感材料间含量存在显着差异。其中96个代谢物在受大豆疫霉菌侵染后呈现差异积累,S12比较组有21个差异代谢物（14个上调积累,7个下调积累）,S36比较组有58个差异代谢物（25个上调积累,33个下调积累）,R12比较组有24个差异代谢物（11个上调积累,13个下调积累）,R36比较组有22个差异代谢物（11个上调积累,11个下调积累）;50个代谢物的含量在抗感材料间存在显着差异,RS12比较组有37个差异代谢物（21个上调积累,16个下调积累）,RS36比较组有22个差异代谢物（13个上调积累,9个下调积累）。此外,28差异代谢物不仅响应大豆疫霉菌的侵染呈现差异积累,而且在抗感材料间本身含量就存在显着差异。根据这些代谢物对大豆疫霉菌侵染的响应模式和在抗感材料中含量差异情况,我们筛选出了一些潜在的抗性物质,主要包括糖类,如松三糖、左旋葡聚糖、赤藓糖、海藻糖、异麦芽糖和蔗果三糖等;有机酸,如枯酸、草酸和2-甲基延胡索酸等;氨基酸衍生物,如酪胺、N-甲酰-L-甲硫氨酸、N-α-乙酰-L-鸟氨酸、苯乙醛、吲哚-3-乙酰胺、4-羟基苯甲酸、反式-4-羟基-L-脯氨酸、苏式-beta-羟基天冬氨酸和S-羧基半胱氨酸等;次生代谢物,如甘露醇、辛醛、大豆甙元。本研究还试图以KEGG pathway为媒介整合转录组数据和代谢组数据,但结果发现两个组学数据关联性不高,分析其原因一方面是因为技术限制目前代谢组检测通量不能跟转录组测序通量匹配;另一方面转录水平和代谢水平对大豆疫霉菌的侵染响应敏感度不同,代谢组对于内外因素的响应较之转录组敏感,调整速度更快,而且基因表达不可检测的差异可能导致代谢水平的变化得到放大而在代谢水平检测到。3.RpsJS基因介导的分子抗病机制根据筛选到的抗性相关差异表达基因和潜在的抗性物质推导了 一个可能的由RpsJS基因介导的分子抗病机制。首先,RpsJS基因很大可能是一个R基因,因此整个抗病机制始于RpsJS基因大豆疫霉菌侵染的感知,从而激发后续的一系列抗病响应。这一系列抗病响应包括植物激素信号转导,转录因子,病程相关蛋白,角质层加固、细胞壁重构,抗性物质的积累。PR9和PR14基因的上调表达有助于细胞壁重构和角质层加固,寡聚糖通常在细胞壁中起着信号物质的作用同时也是细胞壁的组成成分,细胞壁重构和角质层加固相关基因的响应模式显示其积极响应大豆疫霉侵害,由此可见细胞壁重构和角质层加固在RpsJS介导的抗病机制中至关重要的作用。
牛景萍[7]（2018）在《大豆抗大豆疫霉根腐病基因定位及候选基因分析》文中进行了进一步梳理大豆疫霉根腐病（Phytophthora root rot of soybean）是由土传卵菌大豆疫霉菌（Phytophthorasojae Kaufmann&Gerdemann P.sojae）侵染引起的大豆病害。该病害可在大豆各个生育期发生,造成大豆严重减产,利用抗耐病品种是目前最经济有效的措施。抗源筛选是获得优异抗病种质最主要的方式,而抗病基因的挖掘是研究大豆抗性分子机制的主要途径。本研究分析了 337份江淮大豆育种种质对3个毒力不同的大豆疫霉菌株的抗性反应,并结合SNPLDBs和SNP标记关联定位该群体的抗病位点;利用蒙8206和临蒙6-46衍生的次级群体进行抗病基因的遗传分析,结合SSR标记连锁定位;对可能参与抗病通路的基因进行克隆和初步的生物信息学分析。这些结果将有助于深入研究大豆对大豆疫霉根腐病抗性的遗传机制和分子机理,也有助于分子标记辅助选择育种。1.江淮大豆育种种质群体抗大豆疫霉根腐病的抗性鉴定利用下胚轴创伤接种法鉴定337份江淮大豆种质对3个毒力不同的大豆疫霉菌株HeN08-35（3a,3c,4,5,6,7）、AH（2,3a,3b,4,5）、PNJ1（1d,2,3b,3c,4,5,7）的抗性,结果表明抗1个菌株的种质有172份,抗2个菌株的种质有62份,同时能抗3个菌株的种质有68份,这68份种质可作为抗病资源进行育种利用。2.江淮大豆育种种质群体中大豆疫霉根腐病抗病位点的关联定位采用两种软件关联定位江淮大豆育种种质群体中大豆疫霉根腐病抗病位点,RTM-GWAS软件分析所采用的是限制性二阶多位点全基因组关联分析方法,定位所用的标记是MAF>0.01的16,633个SNPLDBs标记,在20条染色体上定位到抗3个菌株的抗病位点共有145个;Tassel软件关联定位抗菌株HeN08-35所采用的是以Q矩阵和K矩阵为协变量的混合线性模型（MLM）统计方法,定位所用标记是MAF>0.05的60,862个SNP标记,鉴定到与抗性稳定相关的SNP有26个,而利用一般线性模型（GLM）和混合线性模型（MLM）都没有关联到抗菌株AH和PNJ1的抗病位点。结合两种软件定位结果发现抗HeN08-35的主效位点都位于1号染色体一个441 kb的区间内,区间内有三个典型的R基因Glyma01g32800、Glyma01g32825和Glyma01g32855,通过qRT-PCR分析发现三个基因受大豆疫霉菌HeN08-35的诱导表达,将这三个基因看作为主效位点最可能抗性候选基因。3.大豆疫霉根腐病完全抗性基因RpsHN的精细定位及候选基因分析在前人利用重组自交家系完成RpsHN初定位的基础上,本研究构建了一个由抗病亲本蒙8206和感病亲本临蒙6-46衍生的F2:3精细作图群体,利用已发表且与该位点连锁的SSR标记和新开发的SSR标记构建遗传图谱,将RpsHN定位于3号染色体上标记SSRSOYN-25和SSRSOYN-44间约278.7 kb的区间内,遗传距离分别为1.6 cM和1.0 cM。在该区间内对三个典型的R基因进行qRT-PCR分析,结果表明基因Glyma03g04260、Glyma03g04300 和 Glyma03g04340 受到大豆疫霉菌 HeN08-35 的诱导表达,将这三个基因看作为最可能抗性候选基因。在抗病亲本蒙8206和感病亲本临蒙6-46中成功克隆了候选基因Glyma03g04340同源基因的CDS序列,将该基因命名为GmM8HNstpk,CDS序列全长1914 bp,编码637个氨基酸,含有一个丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶催化结构域,蛋白分子量为159.5 KD,等电点为4.94。
钟超[8]（2018）在《大豆抗疫病基因发掘及特异性标记开发》文中指出大豆疫霉（Phytophthora sojae M.J.Kaufmann&J.W.Gerdemann）引起的大豆疫病是大豆的毁灭性病害。最有效的病害控制策略是利用含有抗疫病基因（Rps gene）的品种。1.大豆品种华春18抗性反应类型与其他含有已知抗疫病基因的品种均不相同,基因推导含有新的抗病基因。以华春18和感病品种吉科豆2号杂交产生F2:3群体作为抗性分离群体进行抗性遗传分析,发现华春18对大豆疫病的抗性由一个显性单基因控制,定名为RpsHC18。对F2:3群体的进行QTL-seq分析,将RpsHC18候选区域定位在大豆3号染色体上一个767 kb基因组区域。进一步对候选区域进行精细作图,将RpsHC18候选区域缩减至146 kb。对10个大豆基因型的146kb目标区域进行nsSNPs分析,结果显示,仅在华春18中的两个NBS-LRR基因中存在四个特异性nsSNPs,因此这两个基因被认为是RpsHC18候选基因,分别定名为RpsHC18-NBL1和RpsHC18-NBL2。最后,基于两个候选基因的nsSNP标记开发了RpsHC18的特异性标记并进行有效性和特异性验证,发现这些标记能够有效区分RpsHC18和其他已知抗疫病基因。2.在前期研究中,我们在大豆品种早熟18的2号染色体上鉴定了一个新的抗疫病基因RpsZS18。本研究对RpsZS18进行精细定位。以早熟18和感病品种Williams杂交产生的232个F2:3家系为作图群体,首先用大豆2号染色体上的SSR标记构建RpsZS18遗传连锁图,获得与RpsZS18紧密连锁的侧翼SSR标记ZCSSR33（0.9 cM）和ZCSSR46（0.5 cM）。基于亲本之间全基因组重测序数据鉴定和开发InDel标记,进一步将RpsZS18候选区域缩小到71.3 kb。利用14个大豆基因型全基因组重测序数据对RpsZS18基因组区域进行单倍型型分析,结果在早熟18中发现了6个特有的单倍型的基因。最后,对6个早熟18特有单倍型基因进行差异表达分析,结果显示,一个含延伸因子蛋白质编码基因（Glyma.02g245700）,碳水化合物激酶编码基因（Glyma.02g245800）和一个没有功能注释的基因（Glyma.02g246300）均显着上调表达,推测可能是RpsZS18的候选基因。3.前人将大豆抗疫病基因RpsYD25初步定位在3号染色体,本研究对RpsYD25进一步进行精细定位。利用早熟18和豫豆25杂交产生的165个F2:3家系重新构建RpsYD25遗传连锁图,将其定位在3号染色体SSR标记Satt1k3（2.2cM）和BARCSOYSSR030253（4.5 cM）之间。利用这两个标记对早熟18和豫豆25杂交衍生的1127个F3:4家系进行重组交换家系筛选,基于两亲本全基因组重测序数据在候选基因组区域开发分子标记鉴定重组家系的重组位点,最终将RpsYD25定位一个101.3 kb区域。该区域中含有3个基因模型,其中一个是具有锌离子结合蛋白和核酸结合蛋白结构域的基因Glyma.03g034700,另外两个是具有典型抗病结构的NBS-LRR基因Glyma.03g034800和Glyma.03g034900,推测这3个基因为RpsYD25的候选基因。对RpsYD25共分离的SSR标记进行有效性验证发现SSR40能够有效用于分子标记辅助选择育种,用来检测RpsYD25。
李晓那,孙石,钟超,韩天富[9]（2017）在《黄淮海地区大豆主栽品种对8个大豆疫霉菌株的抗性评价》文中研究表明随着麦茬免耕栽培技术的推广应用,黄淮海地区麦后夏播大豆生产中疫霉根腐病呈加重趋势。了解该地区大豆主栽品种对疫霉根腐病的抗性和筛选抗病亲本,对培育新的高产广适抗病品种具有重要意义。本研究利用8个具有不同毒力的大豆疫霉菌株,采用下胚轴创伤接种法,对20世纪50年代以来黄淮海地区审定、推广的140个大豆主栽品种进行接种鉴定。表明除6个品种对8个菌株均无抗性外,其余134个品种分别抗18个大豆疫霉菌株,占鉴定品种总数的95.7%,其中抗68个以上菌株的品种有83个,占鉴定品种总数的59.3%。以14个鉴别寄主的抗病反应型为参照,发现134个品种对8个大豆疫霉菌株共产生65种反应型,其中19个品种产生的5种反应型与已知单基因或2个单基因组合反应型相同;115个品种产生的60种反应型与含有已知单基因或2个单基因组合的反应型不同,推测可能含有新的抗病基因或基因组合。根据研究结果合理选择亲本,可培育出聚合多个抗性基因且综合性状优良的大豆新品种。
李晓那[10]（2017）在《黄淮海地区大豆主栽品种对大豆疫霉根腐病的抗性分析》文中进行了进一步梳理随着麦茬免耕栽培技术的推广应用,黄淮海地区麦后夏播大豆生产中疫霉根腐病呈加重趋势。因此,了解黄淮海地区大豆主栽品种对大豆疫霉根腐病的抗性,筛选抗病亲本对培育新的高产广适抗病品种具有重要意义。本研究从大豆与疫霉菌之间的基因对基因关系出发,利用基因推导法推导品种可能含有的抗病基因,在此基础上,利用与已知抗病基因紧密连锁的SSR标记对主栽品种进行全基因组扫描,获得与疫霉菌抗性关联的优异位点、等位变异及其载体品种。主要结果如下:（1）利用8个具有不同毒力公式的大豆疫霉菌株,采用下胚轴创伤接种法,对20世纪50年代以来黄淮海地区审定、推广的140个大豆主栽品种进行接种鉴定。结果表明,在上述品种中,除6个品种对8个大豆疫霉菌株均无抗性外,其余134个品种分别抗1-8个菌株,占鉴定品种总数的95.7%。其中抗6个以上菌株的品种有83个,占鉴定总数的59.3%。以14个鉴别寄主的抗病反应型为参照,发现134个品种对8个大豆疫霉菌株共产生65种反应型,其中19个品种产生的5种反应型与已知单基因、两个单基因组合的反应型相同;115个品种产生的60种反应型与含有已知单基因或两个单基因组合的反应型不同,推测可能含有新的抗病基因或基因组合。（2）利用104个SSR标记对140份大豆主栽品种进行全基因组扫描,并进行遗传多样性和群体结构分析,在此基础上采用Tassel3.0 GLM和MLM方法进行标记与大豆疫霉菌株抗性的关联分析,再以携带“无效等位基因”品种表型均值为对照,对与性状关联位点的等位变异进一步解析,共检测到337个等位变异,变异范围为2-7个;多样性变化范围为0.112-0.802;多态性信息含量变化范围为0.106-0.775。（3）通过群体结构分析将供试品种分为3个亚群:第一亚群有14个品种,第二亚群有42个品种,第三亚群有84份品种。（4）通过两种关联分析模型,得到与疫霉菌Ps41-1抗性相关联的位点为Sat222;与疫霉菌PsJS2抗性相关联的位点位Satt009;与疫霉菌PsRace4抗性相关联的位点分别为Satt241、Satt304、Satt683和Satt288;与疫霉菌PsRace5抗性相关联的位点为Satt418和Satt288;与疫霉菌PsMC1抗性相关联的位点为Satt009;与疫霉菌PsUSAR2抗性相关联的位点为Satt448。（5）鉴定出Satt009-5等抗大豆疫霉根腐病的优异等位变异位点,及菏豆20等携带优异位点的载体品种。
二、与大豆疫霉根腐病抗性基因Rps1-c连锁的分子标记研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、与大豆疫霉根腐病抗性基因Rps1-c连锁的分子标记研究（论文提纲范文）
（1）豇豆疫霉致病力分化及基因组特征分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要缩略词对照表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 植物病原卵菌 |
| 1.2 疫霉菌研究进展 |
| 1.2.1 疫霉病危害及疫霉菌分类地位 |
| 1.2.2 疫霉菌种类及系统进化 |
| 1.2.3 疫霉菌的寄主范围及致病力分化 |
| 1.2.4 疫霉菌基因组研究 |
| 1.2.5 疫霉菌效应分子研究 |
| 1.3 分子标记技术在疫霉菌研究中的应用 |
| 1.3.1 分子标记在疫霉属遗传多样性研究中的应用 |
| 1.3.2 分子标记在疫霉菌抗性基因研究中的应用 |
| 1.3.3 分子标记在疫霉菌DNA指纹图谱构建中的应用 |
| 1.3.4 分子标记在疫霉菌亲缘关系分析方面的应用 |
| 1.4 疫霉病发病规律及防治 |
| 1.5 豇豆疫霉研究进展 |
| 1.6 本研究的目的及意义 |
| 第二章 绿豆疫霉茎腐病病原菌专化型鉴定 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 病原菌分离 |
| 2.1.3 形态学观察 |
| 2.1.4 温度范围鉴定 |
| 2.1.5 致病性测定 |
| 2.1.6 寄主范围鉴定 |
| 2.1.7 数据分析 |
| 2.1.8 病原菌分子鉴定 |
| 2.1.9 系统发育分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 形态学鉴定 |
| 2.2.2 菌丝生长温度范围鉴定 |
| 2.2.3 致病性和寄主范围鉴定 |
| 2.2.4 系统发育分析 |
| 2.3 小结与讨论 |
| 2.3.1 小结 |
| 2.3.2 讨论 |
| 第三章 豇豆疫霉基因组测序及比较分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 测序菌株 |
| 3.1.2 菌株基因组测序 |
| 3.1.3 基因组组装及注释 |
| 3.1.4 PHI注释分析 |
| 3.1.5 候选效应分子预测 |
| 3.1.6 物种进化分析 |
| 3.1.7 全基因组共线性分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 基因组组装及注释 |
| 3.2.2 基因组特征分析 |
| 3.2.3 致病相关基因 |
| 3.2.4 候选效应分子 |
| 3.2.5 基因家族及物种进化分析 |
| 3.2.6 全基因组共线性分析 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 3.3.1 小结 |
| 3.3.2 讨论 |
| 第四章 豇豆疫霉SSR标记开发 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 供试菌株 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 实验方法 |
| 4.2 结果分析 |
| 4.2.1 基因组中不同SSR分布类型 |
| 4.2.2 多态性SSR引物筛选 |
| 4.2.3 不同地理来源豇豆疫霉的群体遗传分析 |
| 4.2.4 绿豆疫霉的SSR聚类分析 |
| 4.2.5 豇豆疫霉特异性引物的开发 |
| 4.3 小结与讨论 |
| 4.3.1 小结 |
| 4.3.2 讨论 |
| 第五章 豇豆疫霉绿豆专化型致病力分化研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 抗性资源筛选 |
| 5.1.2 致病力分化研究 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 抗性鉴定 |
| 5.2.2 鉴别寄主筛选 |
| 5.2.3 致病型鉴定 |
| 5.2.4 回接鉴定 |
| 5.3 小结与讨论 |
| 5.3.1 小结 |
| 5.3.2 讨论 |
| 第六章 结论与创新点 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（2）东北地区大豆抗疫霉根腐病资源鉴定及抗病基因关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 大豆疫霉根腐病 |
| 1.1.1 大豆疫霉根腐病起源、分布和危害 |
| 1.1.2 疫霉菌侵染过程及分离 |
| 1.1.3. 大豆疫霉与大豆互作中的识别与反识别 |
| 1.1.4. 抗病基因及生理小种 |
| 1.1.5 优势小种 |
| 1.2 抗疫霉根腐病资源及类型 |
| 1.2.1 我国大豆抗疫霉根腐病资源的多样性 |
| 1.2.2 大豆疫霉根腐病的抗性类型 |
| 1.2.3 大豆抗疫霉根腐病基因的鉴定策略 |
| 1.3. 大豆疫霉根腐病数量抗性基因的研究进展 |
| 1.4 关联分析 |
| 1.4.1 连锁不平衡(LD)及其测定方法 |
| 1.4.2 影响连锁不平衡的因素 |
| 1.4.3 全基因组关联分析方法 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 大豆疫霉根腐病抗性QTL的整合及Meta分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 抗疫霉根腐病QTL信息收集和整理 |
| 2.1.2 大豆疫霉根腐病的QTL信息处理 |
| 2.1.3 QTL的映射 |
| 2.1.4 QTL元分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 QTL大豆疫霉根腐病相关QTL信息 |
| 2.2.2 QTL-致性图谱的构建 |
| 2.2.3 大豆抗疫霉根腐病QTL的元分析 |
| 2.3 讨论与小结 |
| 第三章 大豆疫霉根腐病抗性性状全基因组关联分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 大豆疫霉根腐病抗性鉴定与评价 |
| 3.2.3 LD衰减计算 |
| 3.2.4 群体结构分析与聚类分析 |
| 3.2.5 大豆疫霉根腐病抗性关联分析 |
| 3.2.6 候选基因的预测 |
| 3.2.7 关联分析位点与已报道QTL对比 |
| 3.3 讨论与小结 |
| 3.3.1 大豆疫霉根腐病与关联分析 |
| 3.3.2 连锁不平衡衰退的评估 |
| 3.3.3 关联分析存在的问题 |
| 第四章 基于SSR标记分析大豆疫霉根腐病抗源的遗传多样性 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.1.3 数据分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 SSR标记多态性分析 |
| 4.2.2 构建大豆疫霉根腐病抗性品种的指纹图谱 |
| 4.2.3 聚类分析 |
| 4.2.4 群体遗传结构分析 |
| 4.3 讨论与小结 |
| 4.3.1 大豆疫霉根腐病抗源资源遗传多样性分析 |
| 4.3.2 大豆疫霉根腐病抗源资源的利用 |
| 第五章 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
（3）大豆抗疫霉病基因鉴定（论文提纲范文）
| 硕士学位论文评阅人、答辩委员会签名表 |
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 引言 |
| 1.1 大豆疫霉病的概况 |
| 1.1.1 大豆疫霉病的发生与危害 |
| 1.1.2 大豆疫霉病的症状 |
| 1.1.3 大豆疫霉 |
| 1.1.4 大豆疫霉的毒力型变异 |
| 1.1.5 大豆疫霉病的发生规律 |
| 1.1.6 大豆疫霉病的防治 |
| 1.2 大豆抗疫霉病的研究 |
| 1.2.1 质量抗性与数量抗性 |
| 1.2.2 植物DNA分子标记 |
| 1.2.3 大豆抗疫霉病基因的鉴定与作图 |
| 1.3 大豆疫霉病抗性鉴定 |
| 1.3.1 大豆疫霉病抗性的鉴定方法 |
| 1.3.2 大豆抗疫霉病资源筛选 |
| 1.4 大豆全基因组研究在抗疫霉病基因发掘中的应用 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 第二章 大豆品种郑97196 抗疫霉病基因Rps Zheng精细定位 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 大豆疫霉 |
| 2.1.3 抗病性鉴定 |
| 2.1.4 大豆基因组DNA的提取 |
| 2.1.5 SSR分析及遗传连锁图谱构建 |
| 2.1.6 InDel标记的开发及精细定位 |
| 2.1.7 共分离标记的特异性检测 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 抗性表型鉴定 |
| 2.2.2 SSR标记分析和遗传连锁图谱构建 |
| 2.2.3 InDel标记精细定位抗病基因 |
| 2.2.4 共分离标记的特异性检测 |
| 2.3 结论与讨论 |
| 第三章 河南大豆新品系抗大豆疫霉病基因鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 植物材料 |
| 3.1.2 大豆疫霉 |
| 3.1.3 抗病性鉴定 |
| 3.1.4 大豆基因组DNA的提取 |
| 3.1.5 标记鉴定 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 抗病性鉴定 |
| 3.2.2 标记鉴定 |
| 3.3 结论与讨论 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（4）大豆抗疫霉根腐病基因研究进展（论文提纲范文）
| 1 单位点显性抗性基因 |
| 1.1 早期Rps基因的发掘 |
| 1.2 新Rps基因类型的发掘与鉴定 |
| 2 多基因控制的QTL |
| 3 抗大豆疫霉根腐病种质资源的鉴定 |
| 4 结论与展望 |
（5）大豆抗病分子标记的研究进展（论文提纲范文）
| 1 抗性基因定位的方法 |
| 1.1 集团分离分析法 |
| 1.2 近等基因系分析法 |
| 1.3 基于连锁图谱的标记定位法 |
| 2 大豆抗病虫害相关基因或QTL发掘 |
| 2.1 大豆花叶病毒病 |
| 2.2 疫霉根腐病 |
| 2.3 抗蚜虫 |
| 2.4 其他病虫害 |
| 3 总结与展望 |
（6）大豆对大豆疫霉菌侵染响应的转录组学和代谢组学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 大豆疫霉根腐病 |
| 1.1 大豆疫霉根腐病的发现及分布 |
| 1.2 大豆疫霉根腐病病原菌分类 |
| 1.3 大豆疫霉菌生物学特性 |
| 1.4 病害发生、症状及防治方法 |
| 2 抗大豆疫霉根腐病种质资源筛选及抗性基因发掘 |
| 2.1 抗病种质资源筛选 |
| 2.2 完全抗性基因定位 |
| 2.3 部分抗性QTL位点定位 |
| 3 转录组学及其在植物抗病机制研究中的应用 |
| 3.1 转录组测序技术的发展 |
| 3.1.1 基于杂交技术的微阵列技术 |
| 3.1.2 基于测序技术的转录组测序 |
| 3.2 转录组学在植物抗病机制研究中的应用 |
| 4 代谢组学及其在植物抗病机制研究中的应用 |
| 4.1 代谢组学概述 |
| 4.2 代谢组检测技术 |
| 4.3 代谢组学在植物抗病机制研究中的应用 |
| 5 本研究的目的意义及技术路线 |
| 第二章 基于RNA-Seq测序的转录组分析及RpsJS候选基因表达分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 植物材料与菌株 |
| 1.2 病原菌侵染及植物样品制备 |
| 1.3 RNA-Seq测序文库构建及测序 |
| 1.4 测序原始数据质量评估 |
| 1.4.1 检测错误率分布检测 |
| 1.4.2 A/T/G/C含量分布检查 |
| 1.4.3 测序原始数据过滤 |
| 1.5 参考序列比对分析 |
| 1.6 基因表达水平分析和样品间基因表达相关性分析 |
| 1.7 差异表达基因筛选 |
| 1.8 差异表达基因GO富集分析、KEGG富集分析 |
| 1.9 利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对RNA-Seq数据验证及RpsJS候选基因表达分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 两种大豆材料接种大豆疫霉菌后的发病症状 |
| 2.2 测序原始数据质量评估 |
| 2.3 参考序列比对分析 |
| 2.4 基因表达水平分析和样品间基因表达相关性分析 |
| 2.5 差异表达基因筛选 |
| 2.6 差异表达基因GO富集分析 |
| 2.7 差异表达基因KEGG pathway富集分析 |
| 2.8 qRT-PCR验证RNA-Seq数据 |
| 2.9 RpsJS候选基因表达分析 |
| 2.10 抗病相关差异表达基因筛选 |
| 2.10.1 植物激素信号转导相关差异表达基因 |
| 2.10.2 转录因子 |
| 2.10.3 病程相关蛋白及热激蛋白 |
| 2.10.4 角质层加固、细胞壁重构相关差异基因 |
| 3 讨论 |
| 3.1 RpsJS基因可能是含有NBS-LRR结构的R基因 |
| 3.2 ETH、AUX、ABA信号转导途径是RpsJS介导的大豆对大豆疫霉根腐病的抗病机制的组成部分 |
| 3.3 WRKY、MYB、ZFP和ZIP是主要参与大豆对大豆疫霉菌抗性响应的转录因子 |
| 3.4 PR9、PR14和chitinases是主要参与大豆对大豆疫霉菌抗性响应的病程相关蛋白基因 |
| 3.5 物理防御强度是影响大豆对大豆疫霉抗性的重要因素 |
| 第三章 基于GC-MS的代谢组分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 植物材料、菌株及样品制备 |
| 1.2 代谢物萃取及衍生化 |
| 1.3 GC-MS分析 |
| 1.4 数据分析 |
| 1.5 代谢物鉴定 |
| 1.6 差异积累代谢物筛选 |
| 1.7 差异积累代谢物KEGG pathway富集分析 |
| 1.8 代谢组数据与转录组数据联合分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 GC-MS总离子流图 |
| 2.2 多维统计分析及差异代谢物筛选 |
| 2.2.1 主成分分析 |
| 2.2.2 差异积累代谢物筛选 |
| 2.3 差异积累代谢物KEGG pathway富集分析 |
| 2.4 代谢组数据与转录组数据联合分析 |
| 2.4.1 碳水化合物代谢 |
| 2.4.2 氨基酸代谢 |
| 2.4.3 异黄酮代谢 |
| 3 讨论 |
| 3.1 潜在抗病物质 |
| 3.2 碳水化合物、氨基酸代谢 |
| 3.3 异黄酮代谢 |
| 3.4 RpsJS基因介导的分子抗病机制 |
| 全文结论 |
| 本研究创新之处 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士期间发表或待发表的研究论文 |
| 致谢 |
（7）大豆抗大豆疫霉根腐病基因定位及候选基因分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 大豆疫霉菌概况 |
| 1.1 大豆疫霉菌的特点 |
| 1.2 大豆疫霉菌生理小种 |
| 1.3 大豆疫霉菌效应因子致病研究 |
| 2 大豆疫霉根腐病概况 |
| 2.1 大豆疫霉菌的分布及危害 |
| 2.2 大豆疫霉根腐病的病症及发病条件 |
| 2.3 大豆疫霉根腐病的主要环保防治措施 |
| 3 大豆抗大豆疫霉根腐病抗源筛选及抗病基因研究 |
| 3.1 抗源筛选 |
| 3.2 遗传作图在大豆抗疫霉根腐病中的应用 |
| 3.3 大豆疫霉根腐病完全抗性基因研究 |
| 3.4 大豆疫霉根腐病部分抗性基因研究 |
| 4 大豆抗大豆疫霉根腐病抗性分子机制的研究进展 |
| 4.1 R蛋白及其介导的疫霉抗性 |
| 4.2 转录因子介导的疫霉抗性 |
| 4.3 小RNA介导的疫霉抗性 |
| 5 本研究的目的意义和技术路线 |
| 第二章 江淮大豆育种种质群体抗大豆疫霉根腐病的抗性鉴定及抗病位点关联定位 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 供试材料 |
| 1.2 供试菌株 |
| 1.3 抗性鉴定 |
| 1.4 SNP标记及SNPLDBs标记的构建 |
| 1.5 群体结构分析 |
| 1.6 连锁不平衡 |
| 1.7 全基因组关联分析 |
| 1.8 等位变异矩阵的构建 |
| 1.9 候选基因表达分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 江淮大豆育种种质群体的抗性鉴定 |
| 2.2 SNP标记数据分析 |
| 2.3 江淮大豆育种种质群体对菌株HeN08-35抗病位点的关联定位 |
| 2.4 江淮大豆育种种质群体对菌株AH抗病位点的关联定位 |
| 2.5 江淮大豆育种种质群体对菌株PNJ1抗病位点的关联定位 |
| 2.6 抗HeN08-35主效位点候选基因预测 |
| 3 讨论 |
| 第三章 大豆疫霉根腐病完全抗性基因RpsHN的精细定位及候选基因分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 供试材料 |
| 1.2 供试菌株 |
| 1.3 抗性鉴定 |
| 1.4 DNA提取及多态标记鉴定 |
| 1.5 连锁分析 |
| 1.6 基因表达分析 |
| 1.7 基因CDS序列的克隆及序列分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 品系蒙8206对菌株HeN08-35的遗传抗性分析 |
| 2.2 SSR标记筛选和抗性基因定位 |
| 2.3 候选基因预测及qRT-PCR分析 |
| 2.4 候选基因CDS序列的克隆 |
| 2.5 GmM8HNstpk基因CDS序列生物信息学分析 |
| 3 讨论 |
| 全文结论 |
| 本研究创新之处 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士期间发表或待发表的研究论文 |
| 致谢 |
（8）大豆抗疫病基因发掘及特异性标记开发（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩略表 |
| 第一章 引言 |
| 1.1 大豆疫病概况 |
| 1.1.1 大豆疫病发生与危害 |
| 1.1.2 大豆疫病病原 |
| 1.1.3 大豆疫病症状 |
| 1.1.4 大豆疫霉毒力的变异 |
| 1.1.5 大豆疫霉根腐病的防治 |
| 1.2 大豆抗疫病研究 |
| 1.2.1 质量抗性与数量抗性 |
| 1.2.2 大豆抗性资源的鉴定和发掘 |
| 1.2.3 大豆抗疫病基因的鉴定和作图 |
| 1.3 大豆抗疫病基因发掘方法 |
| 1.3.1 传统抗疫病基因的发掘和定位 |
| 1.3.2 QTL-seq方法 |
| 1.4 大豆抗疫霉根腐病候选基因的鉴定和克隆 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 大豆抗疫病新基因RpsHC18的候选基因鉴定及特异性标记的开发 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 大豆疫霉分离物 |
| 2.1.3 抗性鉴定方法 |
| 2.1.4 二代混池测序文库的构建及Illumina测序 |
| 2.1.5 SNP-index的计算和QTL-seq分析 |
| 2.1.6 传连锁图谱的构建以及候选基因的发掘 |
| 2.1.7 基于候选基因特异性标记的开发和验证 |
| 2.1.8 候选基因的差异表达量分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 抗大豆疫病表型鉴定 |
| 2.2.2 亲本和抗、感池重测序数据分析 |
| 2.2.3 SNP-index分析以及RpsHC18抗病候选区域的鉴定 |
| 2.2.4 RpsHC18抗疫病候选区域的验证及精细定位 |
| 2.2.5 RpsHC18候选基因中非同义突变SNPs(nsSNP)及单倍型分析 |
| 2.2.6 RpsHC18特异性标记的开发 |
| 2.3 结论与讨论 |
| 第三章 大豆抗疫病新基因RPSZS18的精细定位和候选基因分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 植物材料 |
| 3.1.2 大豆疫霉分离物 |
| 3.1.3 抗性鉴定 |
| 3.1.4 大豆品种全基因组重测序 |
| 3.1.5 InDel标记精细定位RpsZS18 |
| 3.1.6 RpsZS18抗病性关联突变的鉴定以及候选基因的预测 |
| 3.1.7 候选基因的差异表达分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 表型鉴定 |
| 3.2.2 定位区间内的InDel开发和重组位点鉴定 |
| 3.2.3 RpsZS18候选基因单倍型分析 |
| 3.2.4 RpsZS18候选基因差异表达分析 |
| 3.3 结论与讨论 |
| 第四章 大豆抗疫病基因RPSYD25精细作图及候选基因鉴定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 植物材料 |
| 4.1.2 抗性表型鉴定 |
| 4.1.3 植物DNA的提取 |
| 4.1.4 SSR分析及遗传连锁图谱的构建 |
| 4.1.5 定位区间内重组事件的鉴定及候选基因的发掘 |
| 4.1.6 RpsYD25共分离标记在不同大豆品种之间的有效性检测 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 表型鉴定及抗性遗传分析 |
| 4.2.2 RpsYD25遗传连锁图谱的构建 |
| 4.2.3 RpsYD25初定位区间重组家系的筛选和鉴定 |
| 4.2.4 RpsYD25共分离标记的鉴定 |
| 4.3 结论与讨论 |
| 第五章 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（9）黄淮海地区大豆主栽品种对8个大豆疫霉菌株的抗性评价（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 供试材料 |
| 1.2 供试菌株 |
| 1.3 抗性鉴定 |
| 1.4 抗病基因推导 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 黄淮海地区不同年代大豆主栽品种对疫霉病的抗性表现 |
| 2.2 黄淮海地区不同省份大豆主栽品种对疫霉病的抗性表现 |
| 2.3 黄淮海地区大豆主栽品种抗病基因型的推导 |
| 3 讨论 |
| 3.1 黄淮海地区大豆主栽品种对大豆疫霉根腐病抗性的多样性 |
| 3.2 抗病基因的推导 |
| 3.3 主栽品种在大豆抗病育种上的应用 |
| 4 结论 |
（10）黄淮海地区大豆主栽品种对大豆疫霉根腐病的抗性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 前言 |
| 1.1 研究目的与意义 |
| 1.2 大豆疫霉根腐病研究概况 |
| 1.2.1 大豆疫霉根腐病的发生与危害 |
| 1.2.2 大豆疫霉根腐病的发病症状 |
| 1.2.3 大豆疫霉根腐病病原 |
| 1.2.4 大豆疫霉根腐病的防治措施 |
| 1.3 大豆对大豆疫霉根腐病的抗性研究 |
| 1.3.1 大豆疫霉根腐病抗性类型 |
| 1.3.2 大豆疫霉根腐病抗性品种鉴定 |
| 1.3.3 大豆疫霉根腐病抗性品种筛选 |
| 1.4 分子标记的应用 |
| 1.4.1 主要DNA分子标记 |
| 1.4.2 大豆抗疫霉根腐病基因定位 |
| 1.5 关联分析的研究进展 |
| 1.5.1 连锁不平衡 |
| 1.5.2 关联分析的方法 |
| 1.5.3 关联分析在作物中的应用 |
| 1.6 大豆抗病育种的关键问题 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 供试品种 |
| 2.2 抗病性鉴定 |
| 2.2.1 培养基的制备及菌株的扩繁 |
| 2.2.2 接种方法及抗性评价 |
| 2.2.3 抗病基因推导 |
| 2.3 分子标记分析 |
| 2.3.1 主要仪器与设备 |
| 2.3.2 DNA的提取 |
| 2.3.3 引物选取 |
| 2.3.4 PCR扩增 |
| 2.3.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳、染色和显影 |
| 2.4 数据分析 |
| 2.4.1 SSR数据分析 |
| 2.4.2 聚类分析 |
| 2.4.3 群体结构分析 |
| 2.4.4 遗传多样性分析 |
| 2.4.5 主成分分析 |
| 2.4.6 亲缘关系(K矩阵)评估 |
| 2.4.7 关联分析 |
| 2.4.8 优异等位及优异等位变异的挖掘 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 不同年代大豆主栽品种对疫霉根腐病的抗性表现 |
| 3.2 不同省市大豆主栽品种对疫霉根腐病的抗性表现 |
| 3.3 大豆主栽品种抗病基因型的推导 |
| 3.4 遗传多样性分析 |
| 3.5 聚类结果分析 |
| 3.6 群体遗传结构分析 |
| 3.7 大豆疫霉菌株相关位点的总体分析 |
| 3.8 优异等位变异分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 抗病基因推导 |
| 4.2 主栽品种在大豆抗病育种上的应用 |
| 4.3 遗传多样性和群体结构分析对关联分析的重要性 |
| 4.4 关联分析几种模型比较 |
| 4.5 关联分析结果与已知抗病基因的关系 |
| 4.6 优异等位变异及其载体品种在大豆育种中的利用 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
四、与大豆疫霉根腐病抗性基因Rps1-c连锁的分子标记研究（论文参考文献）
- [1]豇豆疫霉致病力分化及基因组特征分析[D]. 孙菲菲. 西北农林科技大学, 2021
- [2]东北地区大豆抗疫霉根腐病资源鉴定及抗病基因关联分析[D]. 王帅. 延边大学, 2020
- [3]大豆抗疫霉病基因鉴定[D]. 张雪翠. 中国农业科学院, 2020
- [4]大豆抗疫霉根腐病基因研究进展[J]. 昝凯,季珊珊,陈亚光,周青,张志民,杨慧凤,王凤菊,郭海芳,李明军,徐淑霞. 农业科技通讯, 2019(10)
- [5]大豆抗病分子标记的研究进展[J]. 刘念析,陈亮,厉志,刘宝泉,刘佳,衣志刚,董志敏,王曙明. 作物杂志, 2019(04)
- [6]大豆对大豆疫霉菌侵染响应的转录组学和代谢组学研究[D]. 竹龙鸣. 南京农业大学, 2018(02)
- [7]大豆抗大豆疫霉根腐病基因定位及候选基因分析[D]. 牛景萍. 南京农业大学, 2018(07)
- [8]大豆抗疫病基因发掘及特异性标记开发[D]. 钟超. 中国农业科学院, 2018(01)
- [9]黄淮海地区大豆主栽品种对8个大豆疫霉菌株的抗性评价[J]. 李晓那,孙石,钟超,韩天富. 作物学报, 2017(12)
- [10]黄淮海地区大豆主栽品种对大豆疫霉根腐病的抗性分析[D]. 李晓那. 东北农业大学, 2017(04)