一、甲型副伤寒沙门菌质粒DNA图谱与耐药性的关系（论文文献综述）
杨瑞[1]（2021）在《河北省鸡源沙门菌的分离鉴定、毒力与耐药检测》文中研究说明禽沙门菌病（Avian salmonellosis）是一种危害我国养禽业健康发展的重要细菌性疾病,也是一种常见的人畜共患病。沙门菌不仅可以水平传播,还可以通过种蛋进行垂直传播,可造成更大范围的传染。在生产实践中,沙门菌病往往采取抗生素进行控制,由于不合理使用抗生素,致使沙门菌的耐药性愈加广泛。为了解河北省鸡源沙门菌流行及耐药现状,本研究对该地区开展鸡源沙门菌的分离鉴定,及毒力基因与耐药性方面的检测。研究内容与结果如下:1.河北省鸡源沙门菌的分离鉴定本研究于20192020年通过对秦皇岛、唐山、张家口等河北省的16个鸡场采集588份肛拭子样本,利用细菌常规分离鉴定、染色镜检、生化鉴定和PCR方法检测沙门菌感染情况。结果显示,共分离出沙门菌150株,场阳性率达50%,个体平均阳性率达25.51%;采用玻板凝集试验鉴定分离株血清型,结果显示,鸡白痢沙门菌占61.33%（92/150）、肠炎沙门菌占24.00%（36/150）、甲型副伤寒沙门菌占11.33%（17/150）、乙型副伤寒沙门菌占1.33%（2/150）和阿柏丁沙门菌占0.67%（1/150）,以鸡白痢沙门菌和肠炎沙门菌这两种为优势血清型。2.河北省鸡源沙门菌分离株的毒力基因检测及致病性试验通过PCR方法对27种毒力基因进行检测,共检测出25种毒力基因,总检测率为92.59%。其中,spv A、sii E、spv B、spv R、inv H、sse L、mgt C、spv D、spi4H毒力基因的检出率最高,在97.33%100%之间;sop E、sip C、sef A、sif A、orf319、mis L、pip C毒力基因的检出率在90.00%95.33%;spv C、hil A、pef A、sip A、stn P1、rck毒力基因的检出率在81.33%89.33%之间;sop B、ssr A、ssa B毒力基因的检出率在61.33%70.00%之间;ssa R和rmb A毒力基因未检测出。毒力基因的多重携带较多,其中以含24种毒力基因的鸡源沙门菌分离株占比最高为34.67%（52/150）。根据鸡源沙门菌分离株的分离区域、血清型结果及毒力基因的携带情况,共筛选出34株代表菌株进行致病性试验,结果发现试验组均有发病情况,总致死率较高达81.18%,且发现不同地区、不同血清型的沙门菌分离株致死率不同。3.河北省鸡源沙门菌分离株的耐药表型及耐药基因的检测耐药表型检测发现,150株鸡源沙门菌分离株对21种抗生素均呈现了不同程度的耐药,对链霉素、氨苄西林、磺胺异恶唑、青霉素、红霉素和林可霉素抗生素的耐药菌株占比最高,为87.33%99.33%;对环丙沙星、四环素、多西环素、庆大霉素、卡那霉素、复方新诺明和新霉素抗生素的耐药菌株占比在30.00%38.67%;对氟苯尼考、多粘菌素B、恩诺沙星、头孢氨苄和头孢拉定抗生素的耐药菌株占比在22.67%29.33%;对大观霉素、头孢曲松和氧氟沙星的耐药菌株占比最低,分别为10.00%、9.33%和2.00%。150株沙门菌对21种抗生素存在着严重的多重耐药情况,最高对20种抗生素耐药,其中对6种抗生素耐药的比例最高,为48.67%（73/150）,耐药谱以P+AM+STR+SF+EM+LIN这种最为流行。耐药基因检测发现,23种耐药基因中共检测出19种耐药基因,总检测率为82.61%（19/23）。其中,aad A1、bla TEM耐药基因的检出率在90%以上;sul2耐药基因的检出率在80%以上;cat A1、sul1、bla OXA、aac（6）-Ib、aac C4、aad A2、tet B耐药基因的检出率在38.67%50.00%;qnr B、sul3、aad B、qnr S、tet A耐药基因的检出率在11.33%24.00%;bla PSE、qnr A、aac C2、flo R耐药基因的检出率较低,在0.67%9.33%;bla SHV、bla CMY、tet G和cml A耐药基因未检测出。多重耐药基因的携带情况显示,含3种耐药基因的鸡源沙门菌分离株比例最高为21.33%（32/150）,最多同时携带16种耐药基因。并发现耐药表型和耐药基因呈现正相关,以β-内酰胺类抗生素的耐药表型和耐药基因的检出符合率较高,为99.32%。
潘航[2]（2020）在《纽波特沙门菌基因组流行病学研究》文中进行了进一步梳理肠道种沙门菌（Salmonellaenterica）是最主要的食源性致病菌之一,是导致全球健康和经济负担的重要病原。沙门菌包括许多血清型,它们在感染不同宿主能力上差异显着,其定殖生态位/生境的能力也有所不同。沙门菌肠道种肠道亚种血清型纽波特（Salmonella enterica.subsp.entericaserovar Newport,以下简称S.Newport/纽波特沙门菌）,是美国人源感染沙门菌排名前三的血清型之一,通常牛被认为是其主要感染或携带宿主。近年美国S.Newport感染的发生率有所上升,在欧盟,S.Newport感染在过去几十年里保持稳定。一般来说,S.Newport是通过人类食用受污染的动物源性食物传播,例如,牛肉、猪肉、禽肉蛋和牛奶,或非动物来源,如蔬菜和其他新鲜农产品。但最近的疫情却更多地归因于其他来源,如新鲜农产品、海鲜、灌溉用水、土壤。此外,S.Newport也有在环境如肥料中长期生存的特殊能力,特别是其能定殖侵染植物。值得注意的是,S.Newport可以在食品加工过程中定殖、入侵植物组织。S.Newport的生境可以作为持久或称为再次人类感染的来源。很少有调查关注不同的传播途径,特别是耐药沙门菌随食品产业链传播到人类这个角度。而且目前S.Newport在中国的主要生态学、耐药情况和疾病负担状况在很大程度上是未知的。全基因组测序数据、多位点序列分型（MLST）等证实了S.Newport是一个多进化来源的血清型。基于MLST分析的384株不同来源S.Newport确定了 3个进化分支,其中人类分支ⅰ与非人类分支ⅱ（鸟类、家畜和爬行动物为主）的耐药谱不同且有较大生态位差异,很可能表现出宿主偏好性。然而,很少有研究关注食物链中S.Newport的传播,同时,针对全球S.Newport的基因组解析是本领域的瓶颈,S.Newport遗传多样性、耐药性获得机制、不同生境或宿主偏好性遗传基础,这一系列科学问题仍有待解决,特别其在我国人群中流行情况还未知。本研究旨在:（1）探究不同来源S.Newport耐药谱规律;（2）通过MLST揭示菌群的遗传多样性;（3）阐明中国人源S.Newport的基因组流行病学特征;（4）解析全球S.Newport遗传演化、耐药形成规律;（5）在全基因组层面探讨S.Newport宿主偏好性潜在机制。1.1996～2015年美国来源S.Newport耐药分群研究明确沙门菌在多种食品动物宿主间的传播途径及其抗生素谱是进行适当干预和精准治疗的关键。本研究中,我们分析了 1996年至2015年间从美国不同食品动物、零售肉类和疾病病人分离的3,728株S.Newport,包括其中附带27种抗生素的最小抑菌浓度（MIC）。用随机森林和层次聚类统计方法根据所有MIC值（MIC values,MICs）对分离株聚类分群。利用分类回归树（CART）方法分析确定适宜的抗生素及其在人、动物种群间的临界值。根据单个菌株的MICs两种方法都检测到两个独立的群体,其中动物群体的MICs明显较高,这与耐药性（AR）表型相关。只有9.7%（267/2763）人类分离株与动物源性菌株相关。此外,动物源分离株抗生素谱的多样性比人源分离株差异小（P<0.001）,提示有多种来源涉及人类感染。CART法将复方磺胺甲恶唑作为区分动物和人分离株的最佳分类标识。此外,还发现了牛或火鸡种群中占主导地位的两种典型AR谱,即MDR-Amp和Tet-SDR,这表明不同的肉用动物来源可能与人类感染有关。AR分析表明,经验治疗的合理性选择不是氟喹诺酮类药物（如环丙沙星）,而是广谱头孢菌素类药物（如头孢曲松、头孢西丁）。人源S.Newport沙门菌耐药菌株有多种来源,不同的食物-动物传播途径造成了相当大比例的异质性分离群体。2.S.Newport基因型解析菌群多样性S.Newport具有系统发育多样性特征,之前的研究表明,S.Newport通过多种动物传播途径感染人类,各途径中菌株具有不同的耐药性。然而,针对其遗传信息的研究仍缺乏。因此本研究关注S.Newport宿主、来源、基因型和耐药性之间的相互关系。使用全球1842株S.Newport的多位点序列分型（MLST）数据结合针对16种抗生素的最小抑菌浓度,囊括282株中国菌株,对相关性进行评估。我们的分析显示,序列型（ST）与不同的宿主源显着相关,包括家畜（ST45）、鸟类（ST5）、受污染的水和土壤（ST118）、爬行动物（ST46）和海产品（ST31）。重要的是,ST45含有（344/553）大部分多重耐药（MDR）菌株,这些菌株被认为是导致人类MDR细菌感染的原因。中国分离株在禽源（ST808组）和淡水动物源（ST2364组）中形成了两个独特的谱系。S.Newport的基因分型信息可以改善沙门菌的诊断,并指导更好地选择抗沙门菌感染的抗生素疗法。3.1991～2018年中国人源S.Newport基因组流行病学研究近年来,我国S.Newport感染呈逐渐上升趋势。在人类感染方面,S.Newport是全球造成持续感染的五大血清型之一。本研究分析290株S.Newport菌株及其相关临床元数据,包括菌株全基因组,其中62.4%（n=181）为腹泻的患者,28.9%（n=84）为无症状的个体（包括成年人和青少年）,8.6%（n=25）来自幼儿（28%,n=7）和婴儿（72%,n=18）的持续性腹泻病例。不同序列型（ST）和临床表现之间关系的差异显着（P=0.0432）,ST46引起腹泻或代表无症状患者,ST31或ST68引起持续性腹泻。基因组分析显示,无症状或没有腹泻患者分离株的比例最高（98.5%,n=279）,从中检测到相应氨基糖甙类和β-内酰胺类抗生素耐药性决定因子,需要强调在这类患者中应谨慎使用抗生素。研究结果提示非伤寒沙门菌感染并伴有S.Newport引起的急性腹泻或持续性腹泻症状的病例,应谨慎处理,因为多重耐药表型的几率很高,可能导致治疗失败。S.Newport ST31和ST46可能是导致婴儿和儿童腹泻/持续性腹泻病原菌耐药的原因,两种基因型多重耐药比例也最高,而成人更有可能是S.Newport携带者（无症状）。4.全球基因组解析菌株遗传演化、耐药机制及宿主偏好性全球1560 S.Newport菌株可分为C-Ⅰ～C-Ⅳ 4个分支,主要序列型为ST45（28.42%）,ST118（19.56%）,ST46（13.60%）,来源主要为人源（42.05%）,家养动物源（Livestock,21.03%）,冷血动物源（8.08%）。C-Ⅱ中家养动物为主的主要谱系ST45-WBM（warm-blooded mammal,温血哺乳动物）普遍携带IncA/C2质粒及大量耐药基因,同时ST166及ST31中也携带部分质粒及一定量耐药基因。S.Newport含以氨基糖苷类及四环素为首的9大类耐药基因,除了利福平类主要来自冷血动物（CBA）及人,其他类主要来源是WBM及禽类。BEAST时空分析提示S.Newport的分子钟速率相比其他血清型或种属呈中等偏高水平,其中C-Ⅰ分化时间最早但速率最低,C-Ⅱ速率最高,对C-Ⅱ主要谱系ST45-WBM的分析提示多重耐药IncA/C2质粒驱动家养动物源ST45菌株流行。对各主要ST中的代表性菌株进行挑选及表型试验,验证了三大谱系ST45-WBM、ST46-CBA、ST118&5-Human（人源）对小鼠模型的毒力差异及对斑马鱼及秀丽隐杆线虫的宿主偏好性,以及谱系间生物被膜形成及群集运动能力的差异性。泛基因组热图提示存在潜在的重组特性及协助谱系适应的基因,通过分析挖掘了三大谱系的协助其适应的特异性基因,主要与细菌营养物质代谢运输、遗传物质操作有关,毒力基因扫描结果提示毒力基因总数与耐药基因总数呈负相关,毒力岛、可移动元件扫描结果提示ST45-WBM谱系具有特异性的4个转座子及Ⅰ型整合子,ST118&5-Human谱系具有1个特异性毒力岛,重组事件检测结果提示S.Newport是近百年沙门菌中已知的重组发生区域最广、发生速度最快、每个菌株平均事件数最高的血清型,其中ST45-WBM谱系内网状进化现象突出,XerC3是ST45-WBM的特异性重组酶,可能是支持其遗传多样性、快速演进和广泛流行的重要因素。综上所述,本研究通过系统的大数据分析,明确了S.Newport的耐药表型概况、耐药分群、最佳分群抗生素、基因型、生态型分布及对人类主要的传播途径,解析了中国人源菌株的基因组流行病学特征,并从全球视角明确了S.Newport的种群结构、遗传演化、耐药遗传决定因子、宿主偏好性、以及不同进化分支谱系特异性的分子靶点,指出IncA/C2是家养动物源ST45菌株流行的主要驱动因素,且重组酶及营养代谢运输元件可能参与介导宿主适应,为进一步研究沙门菌生物学功能打下基础。
杨溢[3]（2020）在《特定沙门氏菌鞭毛相关假基因的探索研究》文中进行了进一步梳理肠炎沙门氏菌（Salmonella enterica serovar Enteritidis,S.Enteritidis）、鸡白痢沙门氏菌（Salmonella enterica serovar Pullorum,S.Pullorum）和鸡伤寒沙门氏菌（Salmonella enterica serovar Gallinarum,S.Gallinarum）是兽医临床常见的沙门氏菌血清型。三者在进化关系上非常相近,具有类似的基因组结构,但在宿主范围、宿主年龄和致病特点上却存在很大差异。肠炎沙门氏菌是一种重要的人畜共患病原体,通常引起食物中毒和肠胃炎。而鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌则主要对幼龄禽类致病,引起急性、全身性和败血性疾病。此外,值得注意的是,包括肠炎沙门氏菌在内的多数沙门氏菌,均具有鞭毛,能运动,而鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌却是两个例外,它们的菌体表面没有鞭毛表达且不具备运动性,但对于它们无鞭毛且缺乏运动性的原因,长期以来并没有被明确阐释。鞭毛是细菌表面长丝状的附属物,是细菌的运动器官,此外,作为一种重要的毒力因子,鞭毛在细菌对宿主细胞的粘附、侵袭以及生物被膜形成等致病过程中发挥重要作用。细菌鞭毛的合成和组装过程非常复杂,有一系列基因（不少于60个）参与到这个过程中。本课题组在对鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌鞭毛相关基因进行检索时发现,虽然鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌不具备鞭毛结构,但它们的基因组内包含全系列的鞭毛相关基因。有趣的是,在它们的鞭毛相关基因中,存在一定数量的假基因。而在鞭毛功能完整的肠炎沙门氏菌的鞭毛相关基因中,则不存在假基因。假基因（Pseudogene）是基因组中与功能基因非常相似的DNA序列,但因存在点突变、缺失和插入等缺陷而丧失正常编码功能,常用“Ψ”表示。那么,是否所有的鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌都具有鞭毛相关假基因?假基因的分布和突变具有何种特点?鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌的无鞭毛表型是否是由某些功能基因突变为假基因导致?此外,有研究表明,病原微生物某些毒力相关基因的假基因化,可能会影响其致病性。那么,鞭毛相关基因的假基因化,是否会影响菌株的致病力?基于上述科学问题,展开以下研究:1.鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌鞭毛相关假基因的测序和生物信息学分析为了探析鞭毛相关假基因在鸡白痢沙门氏菌和鸡伤寒沙门氏菌中的数量、分布和突变形式等规律,本研究首先从NCBI基因组数据库中获取目前已公布的鸡白痢沙门氏菌（共5株）和鸡伤寒沙门氏菌（共3株）全基因组序列。其次,以肠炎沙门氏菌P125109（已知鞭毛阳性）的全基因组序列（AM933172.1）为参考序列,设计特异性引物,用PCR方法分别扩增本实验室保存的鸡白痢沙门氏菌国内标准株（4株,包括CVCC523、CVCC526、CVCC535 和 CVCC540）的flgK、flhB、flhA、flgI、cheM、fliN、fliL、motB、ycgR基因并测序。将测序获得的序列以及从NCBI获取的序列分别与参考序列进行比较和分析。结果表明,与参考序列相比,在分析的12株鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌菌株中,均含有2～6个数量不等的鞭毛相关假基因。各个假基因的分布情况不同,其中flgK、flhB在所有被分析的鸡白痢和鸡伤寒菌株中均是假基因。假基因的突变形式具有多样性。总体来讲,分为两种情况:（1）单个碱基突变导致序列中提早产生终止密码子。（2）非三的整数倍碱基插入或缺失,导致下游产生移码突变。本研究对鞭毛相关假基因分布规律和突变特点的掌握,为进一步对鞭毛相关假基因的研究打下基础。2.肠炎沙门氏菌鞭毛相关假基因的缺失及其对鞭毛形成和运动性的影响为了进一步探究各鞭毛相关假基因对鞭毛形成和菌株的运动性的影响,本研究以已知鞭毛和运动阳性的肠炎沙门氏菌国内标准株CMCC（B）50336为研究模型,利用λ-Red同源重组系统,构建flgK、flhB、flhA、flgI、cheM、fliL、fliN、motB和ycgR基因的缺失株。通过半固体运动试验、玻板凝集试验和电子透射显微镜观察的方法,检测各基因缺失株的鞭毛形成能力和运动性,从而分析各基因与鞭毛形成和运动性相关性。本研究证明:基因flgK、flhB、flhA、fgI、fliL和fliN同时影响鞭毛形成和运动性;基因motB影响运动性,但不影响鞭毛形成;基因cheeM和ycgR则既不影响鞭毛形成,也不影响运动性。3.flgK和flhB基因缺失对肠炎沙门氏菌CMCC（B）50336致病力的影响前期研究表明,包括flgK、flhB、flhA、flgI、fliL和fliN在内的6个基因的缺失可以导致菌株产生无鞭毛表型,本研究进一步探讨无鞭毛表型是否影响菌株的致病性。我们以突变频率最高（100%）的两个基因（flgK和flhB）为切入点,通过考察flgK和flh和B基因缺失株的生物学功能变化,分析无鞭毛表型与肠炎沙门氏菌50336致病力之间的关系。结果显示,与野生株相比,缺失株50336△flgK和50336△flhB对仔猪空肠上皮细胞IPEC-J2、人结肠癌Caco-2的粘附能力均显着降低（p<0.05）。对IPEC-J2细胞、Caco-2细胞、鸡巨噬细胞HD-11和小鼠巨噬细胞RAW264.7的侵袭能力均显着降低（p<0.05）。然而,缺失株 50336△flgK和 50336△flhB 在 HD-11 细胞和 RAW264.7 细胞内的生存能力显着提高（p<0.05）。以上结果表明,鞭毛相关基因flgK和flhB缺失导致的无鞭毛表型,可以促进肠炎沙门氏菌CMCC（B）50336在巨噬细胞内的生存能力。4.基因flgK和fhB的假基因化对肠炎沙门氏菌CMCC（B）50336鞭毛形成和运动性的影响前期研究表明,鞭毛相关基因flgK和flhB的缺失直接影响肠炎沙门氏菌鞭毛的形成,但flgK和flhB基因的假基因化对其鞭毛和运动的影响并不知晓。本研究利用温敏质粒pHSG415介导的基因同源重组,将肠炎沙门氏菌（S.Enteritidis）国内标准株CMCC（B）50336基因组中功能基因flgK和flhB,替换为源自鸡白痢沙门氏菌（S.Pullorum）的假基因ΨflhBsP和ΨflgKSP,分别构建了flgK和flhB假基因化的菌株50336ΨflhBSP和50336ΨflgKSP。通过半固体运动试验、玻板凝集试验和电子透射显微镜观察,结果显示,肠炎沙门氏菌基因flgK和flhB的假基因化,导致菌株不能形成鞭毛且运动性丧失。上述结果说明,flgK和.flhB基因的假基因化能够影响鞭毛形成和运动性。5.基因flgK和flhB假基因化对肠炎沙门氏菌CMCC（B）50336致病力的影响本研究对上一章研究中基于肠炎沙门氏菌50336构建的flgK和flhB假基因化菌株进行生物学功能分析。结果显示,与野生株相比,置换株50336ΨflhBsp和50336ΨfgKSP对仔猪空肠上皮细胞IPEC-J2细胞、人结肠癌Caco-2细胞的粘附能力均显着降低（p<0.05）。对IPEC-J2细胞、Caco-2细胞、鸡巨噬细胞HD-11和小鼠巨噬细胞RAW264.7的侵袭能力均显着降低（p<0.05）。但是,置换株50336ΨflhBSP和50336ΨflgKSP在HD-11细胞和RAW264.7细胞内的生存能力显着提高（p<0.05）。以上结果表明,肠炎沙门氏菌50336菌株flgK和flhB的假基因化致使其对宿主细胞的粘附和侵袭能力均降低。相反,flgK和flhB的假基因化使其在巨噬细胞内的生存能力增强。6.鸡白痢沙门氏菌假基因ΨflgK和ΨflhB的修复及其鞭毛相关功能分析本试验对CVCC535和CVCC540菌株中假基因ΨflhB和Ψflgk进行修复。首先,将源自S.Enteritidis的功能完整的.flhBSE基因无痕置换到S.Pullorum CVCC535和CVCC540基因组的相应假基因的位置,构建了基因flhB修复株CVCC535flhBSE和CVCC540flhBSE。继而将携带源自S.Enteritidis的功能完整的flgKSE基因的回补质粒转化入上述置换株中,构建了基因flgK和flhB双修复株CVCC535flhBSE/pBRflgKSE和CVCC540flhBsE/pBRflgKsE。通过半固体运动试验、玻板凝集试验和电子透射显微镜观察,结果表明,假基因flhB和flgK修复后的S.Pullorum菌株依旧不能形成鞭毛,不具备运动性。上述结果提示,在S.Pullorum的鞭毛编码系统中或许还存在其他假基因有待发现,因此揭示S.Pullorum无鞭毛表型的机制仍亟待更多的研究。本研究综合表明,flhB和flgK基因的缺失或假基因化,均会影响肠炎沙门氏菌CMCC（B）50336的鞭毛形成和运动能力。flhB和flgK基因的假基因化影响了肠炎沙门氏菌CMCC（B）50336的致病性,即有助于其在巨噬细胞内的存活。
宋艳[4]（2020）在《山东省部分种鸡场死胚中沙门氏菌的鉴定及耐药特性研究》文中认为沙门氏菌病是由沙门氏菌属细菌引起的疾病总称。目前沙门氏菌病是全球家禽业面临的主要威胁。沙门氏菌属肠杆菌科,革兰氏阴性菌,家禽感染的沙门氏菌主要分为鸡白痢沙门氏菌、鸡伤寒沙门氏菌、肠炎沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌等。肠炎沙门氏菌的感染不仅与养殖场的发病率和死亡率相关,甚至会引起人类的胃肠炎,每年因此死亡的人数达15万。鸡白痢沙门氏菌主要感染3周龄内的雏鸡,主要临床症状为排白色粪便,严重者可以造成脱水,甚至大规模死亡,成年鸡被感染后虽多为隐性带病,但会导致鸡场的受精率、产蛋率和孵化率显着下降,从而给养殖场造成严重的经济损失。为了解2019年山东省同一时期内9个种鸡场死胚中沙门氏菌的流行情况,研究其耐药基因、耐药表型的水平传递情况,本研究选择同一时期内9个种鸡场的18胚龄未出壳死胚（每个种鸡场90枚）用于评估2019年山东省种鸡场死胚中沙门氏菌的流行情况及危害预警。分别无菌采集810枚未出壳死胚的肝、脾和卵黄,混合研磨,进行前增菌、增菌和选择性培养基的鉴别培养,疑似菌落纯化后再经PCR方法以及微生物质谱鉴定等方法完成沙门氏菌分离株的鉴定。同时,本研究对所有沙门氏菌分离株进行了血清分型、MLST分型、毒力基因、耐药基因的测定以及耐药表型水平传递进行了分析。结果表明,9个种鸡场中,共检测到5个沙门氏菌阳性鸡场。810份死胚中,共分离出177株沙门氏菌,本次死胚中分离的阳性率为21.85%（177/810）。5个沙门氏菌阳性鸡场中百日鸡、绿壳蛋鸡、芦花鸡检出鸡白痢沙门氏菌和肠炎沙门氏菌。琅琊鸡、青脚麻鸡检出鸡白痢沙门氏菌。5个阳性种鸡场主要流行的沙门氏菌血清型为鸡白痢。利用细菌多位点序列分型（Multilocus sequence typing,MLST）,共检出4种ST型:ST11、ST92、ST470、ST2151。ST92为主要流行的ST型。MLST分型方面出现明显的规律性,遗传方向流向ST11-ST470-ST92-ST2151,其中以ST11为核心序列型。本研究发现,百日鸡场死胚中沙门氏菌多重耐药率最高,达93.48%（43/46）,且在同一死胚中检出两种血清型沙门氏菌:鸡白痢沙门氏菌和肠炎沙门氏菌。针对此,本研究对百日鸡场沙门氏菌分离株进行了后续耐药基因,Ι类整合子,毒力基因,耐药性传递以及分离菌的亲缘关系分析。在百日鸡场90枚未出壳死胚中有22个检出一种血清型沙门氏菌,12个检出两种两种血清型沙门氏菌,共得到46株沙门氏菌,其中鸡白痢沙门氏菌占比54.35%（25/46）,肠炎沙门氏菌占比45.65%（21/46）。46株沙门氏菌对14种抗菌药物的耐药结果显示,分离菌对红霉素的耐药率最高为100%（46/46）,其次是氨苄西林,耐药率为89.13%（41/46）,对四环素、链霉素、头孢他啶的耐药率分别为56.52%（26/46）、67.39%（31/46）和82.61%（38/46）,对多粘菌素、复方新诺明、美福仙均敏感。93.5%（43/46）的菌株耐至少三类以上的药物。将同一宿主来源的肠炎沙门氏菌和鸡白痢沙门氏菌耐药特点分析并绘制耐药表型热图。结果发现,同一个死胚中分离的鸡白痢沙门氏菌株比肠炎沙门氏菌株有着更广泛的耐药谱。以分离菌DNA为模板,通过PCR检测到β-内酰胺类、喹诺酮类和磺胺类耐药基因,其中sul3检出率最高为100%（46/46）,其次为blaPSESE 97.83%（45/46）、blaCTX-MTX-M 95.65%（44/46）等;以分离菌质粒DNA为模板,通过PCR在菌株质粒上检出了blaPSESE 97.83%（45/46）、bla CTX-MTX-M 95.65%（44/46）和sul2 97.83%（45/46）等,没有检出喹诺酮类耐药基因。质粒接合实验成功率为89.13%（41/46）,73.17%（30/41）耐药谱变窄,接和子中检出blaTEMEM 100%（41/41）、bla CTX-MTX-M 80.49%（33/41）、sul1 58.54%（24/41）和sul373.17%（30/41）。MLST分型结果显示,46株沙门氏菌共分为三个ST型:ST11（21/46,45.65%）、ST92（20/46,43.48%）和ST2151（5/46,10.87%）。聚类分析图可以看出,ST11与ST92、ST470、ST2151各自相差一个等位基因。通过构建最小生成树,本研究发现分离菌ST11、与人源沙门氏菌ST1558和ST1747来自同一个克隆群,分离菌ST92与ST2151来自同一个克隆群。这5个STs具有共同的遗传背景,亲缘关系较近。本研究结果表明,山东省部分种鸡场死胚中沙门氏菌病流行情况严重,主要流行的血清型为鸡白痢沙门氏菌,主要流行的ST型为ST92。百日鸡场沙门氏菌病主要由鸡白痢和肠炎沙门氏菌的感染所引起的;MLST分型显示其亲缘关系较近,遗传方向流向ST11-ST470-ST92-ST2151;分离菌存在多重耐药且携带多重耐药基因,已通过质粒在环境中水平传递。本研究对山东省部分种鸡场沙门氏菌的流行情况、耐药特点及其共感染危害进行预警,对于种鸡场沙门氏菌净化措施的制定与实施具有重要参考意义。
鲁杨超[5]（2019）在《猪源沙门菌质粒介导的广谱头孢菌素和黏菌素耐药性研究》文中进行了进一步梳理沙门菌是一种重要的人畜共患性和食源性病原菌,对动物健康和人类健康可造成严重的威胁。广谱头孢菌素、尤其是第三代头孢菌素是治疗沙门菌感染的首选药物之一,而多黏菌素被认为是治疗革兰氏阴性菌严重感染的“最后一道防线”。近年来,国内外研究表明,沙门菌对这两类抗菌药物耐药性的问题日益严重。质粒是一种能够进行独立复制、可移动的遗传因子,可携带介导头孢菌素类药物和黏菌素耐药的基因,并介导耐药基因在不同细菌之间的水平转移。因此,加强沙门菌对这两类药物产生耐药性的机制、尤其是质粒介导的耐药机制的研究,具有重要的理论和应用意义。本研究拟从实验室分离鉴定的多重耐药猪源沙门菌中,筛选出头孢噻肟耐药的菌株,并针对其开展质粒介导的广谱头孢菌素和黏菌素耐药机制研究。主要结果如下:1.头孢噻肟耐药沙门菌的筛选及其药物敏感性评价采用含4μg/mL头孢噻肟的MHA平板对110株多重耐药猪源沙门菌进行筛选,发现有16株对头孢噻肟表现耐药。通过微量肉汤稀释法检测16株沙门菌对头孢噻肟、头孢他啶、头孢吡肟、氨曲南、美罗培南、黏菌素的最小抑菌浓度（MIC）,结果显示头孢噻肟MIC值均大于128μg/mL。16株菌对美罗培南均敏感,11株菌对头孢吡肟耐药,10株菌对氨曲南耐药,10株菌对黏菌素耐药,只有2株菌对头孢他啶耐药。当头孢噻肟、头孢吡肟、头孢他啶分别与克拉维酸联合使用时,16株菌均表现为敏感,提示这些沙门菌均为产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）的菌株。2.沙门菌质粒的提取和分型对16株沙门菌进行质粒提取,发现12株沙门菌可检测到质粒条带,其中10株为黏菌素耐药菌株。质粒条带数为2-6条,条带大小介于1.39-19.56 kb之间,且10株黏菌素耐药菌株均存在一条大小为19.56 kb的条带。对质粒复制子类型的检测发现,15株菌检测到Inc N型复制子,13株菌检测到Inc HI2型复制子,1株菌检测到Inc I1型复制子。3.质粒介导的广谱头孢菌素耐药机制研究采用PCR对16株沙门菌进行6种ESBLs耐药基因检测,结果表明所有菌株均能检出CTX-M基因,但SHV、CMY-2、PER、IMP、KPC基因均未检出。进一步对CTX-M基因进行分型,14株菌为CTX-M-9组的CTX-M-14型,2株为CTX-M-1组的CTX-M-15型。以16株沙门菌为供体菌、大肠杆菌NK5449为受体菌,通过肉汤法进行接合转移试验,采用头孢噻肟-利福平双药平板进行接合子的筛选,结果表明只有10株具有黏菌素抗性的菌株能够通过接合转移将CTX-M基因转移到受体菌。4.质粒介导的黏菌素耐药机制研究PCR检测结果表明,10株黏菌素耐药沙门菌均携带mcr-1基因,而6株黏菌素敏感菌株均不携带mcr-1基因。以16株猪源沙门菌为供体菌,以具有利福平抗性的大肠杆菌NK5449为受体菌,通过肉汤法进行接合转移试验,采用黏菌素-利福平双药平板进行接合子的筛选,结果表明只有10株黏菌素耐药菌株可发生接合转移,转移频率介于2.00×10-6至7.21×10-5之间。从黏菌素耐药菌FA56株中扩增全长mcr-1基因,通过双酶切连接至载体pHSG396上,将重组载体转化至DH5α感受态细胞,结果重组菌具有黏菌素抗性,表明在本研究中mcr-1基因是沙门菌黏菌素耐药的主要因素。
马叶本[6]（2019）在《我国部分地区科瓦利斯沙门菌分离鉴定、耐药性及PFGE分子分型研究》文中提出沙门菌不仅可以感染多种畜禽及其他动物,甚至可以通过污染各种食品引起人类食物中毒,是一种重要的人畜共患病原菌。到目前为止已经发现2600多种血清型,而科瓦利斯沙门菌是沙门菌中的一个重要血清型。在过去,科瓦利斯沙门菌是罕有报道的,而近年来,该血清型在巴西、日本、保加利亚、丹麦和突尼斯等部分国家有流行爆发的趋势。有研究表明科瓦利斯沙门菌已经成为我国广东和河南禽肉中的一个优势血清型。但是国内对科瓦利斯沙门菌耐药性、分子流行病学特征以及遗传演化等仍缺乏一个系统的研究,这将会给我国对该菌的防控带来很大的困难。因此本研究首次从我国部分地区（广东、广西壮族自治区和上海等地区）收集不同源科瓦利斯沙门菌,并对其耐药性、喹诺酮类及β-内酰胺类药物耐药基因、质粒不相容群、生物被膜形成能力以及毒力基因等进行检测,同时对这些菌进行PFGE分子分型。旨在了解我国不同源科瓦利斯沙门菌的耐药性、分子流行病学特征及遗传相关性,为科瓦利斯沙门菌临床用药以及风险预测控制提供基础数据。本研究从广东、广西壮族自治区和上海等地区共分离收集205株科瓦利斯沙门菌,其中人源114株（55.61%）,食品源91株（44.39%）。药敏试验检测结果显示耐药率最高的是磺胺异恶唑（94.15%）,其次是四环素（77.56%）、氟苯尼考（48.29%）、氯霉素（42.93%）等。另外环丙沙星、头孢噻肟、头孢吡肟、亚胺培南、庆大霉素和阿米卡星等重要药物也有检出耐药菌株,耐药率分别是21.46%、2.44%、0.98%、0.49%、2.44%和1.95%。不同源比较发现人源菌株的环丙沙星和氯霉素耐药率高于食品源的。值得注意的是,多重耐药率已高达63.9%,多重耐药模式多达25个,可见耐药情况复杂。本研究针对临床重要的喹诺酮类和β-内酰胺类药物耐药情况,对其耐药基因进行检测,结果发现喹诺酮类耐药决定区（QRDR）仅存在par C（Thr57Ser）突变（96.59%）,而质粒介导喹诺酮耐药基因（PMQR）中,qnr S基因（85.85%）普遍存在,qnr B（14.63%）和aac（6’）-Ib-cr（28.78%）基因也有发现。超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）基因中bla TEM-1（18.05%）检出率最高,其次是bla CTX-M-55（4.88%）、bla TEM-116（1.95%）和bla OXA-1（1.46%）。另外,碳青霉烯类耐药基因bla NDM-5（0.49%）也有被检出。说明由耐药基因介导的临床重要药物耐药科瓦利斯沙门菌已在我国出现,需及早防控。质粒不相容群检测结果显示,共45株菌检出质粒不相容群,共6种,主要以HI2（18.54%）为主,N、Frep B、I1、A/C和Y等在小部分菌中可检出。将质粒分型与耐药性、耐药基因结果相结合发现,携带Inc HI2质粒的沙门菌中,对喹诺酮类和β-内酰胺类耐药的菌株占94.74%（36/38）,有65.79%（25/38）的菌株均对氨苄西林、萘啶酸和环丙沙星耐药。而携带qnr B、aac（6’）-Ib-cr和bla TEM-1基因的菌中,Inc HI2质粒的携带率可分别达到90.00%、64.41%和81.08%,提示这些基因可能位于该质粒类型上并进行传播。生物被膜形成能力检测发现有95.61%的菌株能形成生物被膜,其中7.8%,14.15%和73.66%的菌株分别有强、中等和弱生物被膜形成能力。结合耐药性发现,强生物被膜形成能力菌株的链霉素耐药性要高于中等和弱的,强和中等的氟苯尼考和氯霉素耐药性高于弱的。毒力基因检测结果显示,15个毒力基因中,共10个（sip A、sop E2、ssa B、ssr A、Mart、sii E、pip A、fim A、pef A和stn）在所有菌株中均能检测出来,说明这些菌普遍携带大量毒力基因。采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型方法研究沙门菌同源性关系,结果显示这些菌的同源性范围为40.11%～100%,按照85%的同源性进行基因分簇,可分成15个基因簇和8个不成簇的基因型,共计74个基因型。优势基因簇为F簇,优势基因型是D1。这些菌的基因型总体呈现遗传多样性,同时还发现不同来源不同地区的菌株拥有同一个基因型。另外发现基因型与耐药表型、生物被膜存在一定的联系,比如75%（33/44）的环丙沙星耐药菌株主要集中在K和L基因簇中,D簇中57.58%（19/33）菌株均有中等或强生物被膜形成能力。综上所述,本研究首次对我国不同源科瓦利斯沙门菌进行系统的流行病学研究,通过研究发现耐药性比较严重且有较高的多重耐药率,喹诺酮类和β-内酰胺类耐药基因可能通过流行的质粒类型进行传播并介导耐药,且普遍携带大量常见的毒力基因。另外几乎所有的菌均有生物被膜形成能力,且大部分均为多重耐药菌。分子分型说明这些菌很有可能在不同地区传播,且通过克隆传播在这些地区持续存在并在人和食品之间进行传播。应及早做好防控,加强科瓦利斯沙门菌的监测,并合理地使用药物。
岂晓鑫[7]（2018）在《1950-2009年动物源沙门菌的分型、耐药性及致病性研究》文中提出沙门菌（Salmonella）是全球范围内常见的食源性致病菌,可广泛感染哺乳类、鸟类、爬行动物、两栖动物等。人类可由多种途径感染,其中通过畜禽产品是最主要的感染途径。沙门菌分型复杂,目前仅根据血清型方法可初步分为近2600种血清型,但由于分型血清价格较高、影响分型试验的因素多,其应用于揭示病原菌之间关系时存在较大缺陷。随着分子生物学发展,将血清分型与分子分型相结合可极大提高对沙门菌分型的准确性。随着抗菌药物的应用,在抗生素的选择压力下,沙门菌耐药菌株不断增多,超级耐药菌株的发现更给公共卫生提出了新的挑战。本文研究了我国1950～2009年间60株动物源沙门菌分离株的血清型、MLST分型分布情况,并对样品进行了耐药性检测和致病性研究,建立了相应的基础数据库,为沙门菌的检测、追踪溯源和防控提供基本信息。（1）本研究中60株动物源沙门菌,其中鸡源分离株33株（55%）,猪源分离株25株（41.67%）,马源分离株2株（3.33%）;血清型分型共分为7个血清型,其中猪霍乱沙门菌（Salmonella choleraesuis）、肠炎沙门菌（Salmonella Enteritidis）和鸡白痢沙门菌（SalmonellaPullorum）三种血清型分离率位于前三位,分别占总菌株数的31.67%（19/60）、26.67%（16/60）和21.67%（13/60）,其余鼠伤寒沙门菌（Salmonella Typhimurium）、马流产沙门菌（Salmonella Abortusequi）、田纳西沙门菌（Salmonella Tennessensis）和印第安纳沙门菌（Salmonella Indiana）分别为 10%（6/60）、3.33%（2/60）、3.33%（2/60）和 3.33%（2/60）。血清型具有明显的时代特征,1950-1969年猪作为畜牧业中主要的养殖动物所受重视程度较高,分离的沙门菌血清型以猪霍乱沙门菌为主（12/20）,而鼠伤寒沙门菌（2/20）、鸡白痢沙门菌（4/20）和肠炎沙门菌（2/20）均有分离;1970-1989年分离的沙门菌血清型猪霍乱沙门菌（7/20）与鸡白痢沙门菌（7/20）比例相同,除鼠伤寒沙门菌（4/20）外,还分离到了马流产沙门菌（2/20）;1990-2009年我国畜禽养殖出现了集约化养殖的趋势,分离的沙门菌绝大多数是禽源沙门菌,血清型主要是肠炎沙门菌（14/20）,此外还分离到田纳西沙门菌（2/20）和印第安纳沙门菌（2/20）。MLST分型共有9个ST型,ST68、ST11、ST92所占比例较高,分别为30%（18/60）,26.67%（16/60）和15%（9/60）,其余各菌株ST 型所占比例为 ST19:10%（6/60）、ST132:6.67%（4/60）、ST17、ST251和 ST319 均为3.33%（2/60）、ST139:1.67%（1/60）。MLST分型结果与血清型分型结果对应性良好,ST11为肠炎沙门菌、ST17为印弟安那沙门菌、ST92和ST132为鸡白痢沙门菌、ST319为田纳西沙门菌、ST68和ST139为猪霍乱沙门菌、ST19为鼠伤寒沙门菌、ST251为马流产沙门菌。此外试验结果显示MLST分型能力要略高于血清学分型方法,可以一定程度的区分分离株,在同一血清型内不同分离株间进一步分析其系统进化和亲缘关系。（2）本研究中沙门菌样本对氨苄西林（AM）、多西环素（DOX）、四环素（TE）和磺胺异恶唑（SF）药敏试验结果呈现双峰式分布,耐药菌株与敏感菌株MIC分布相对集中;超过30%的菌株对多黏菌素（CL）低敏,所有菌株对美罗培南（MEM）高敏。由于阿莫西林/克拉维酸（A/C）、庆大霉素（GM）、大观霉素（SPF）、氧氟沙星（OFL）、恩诺沙星（ENR）和复方新诺明（SXT）这6种抗生素的抑菌效果较好,其耐药菌株比例均小于5%,头孢噻呋（CEF）、氟苯尼考（FFC）和头孢他啶（CAZ）的抑菌效果稍弱,分别有11.67%、8.33%和6.67%的菌株对其耐药。按照菌株分离时间统计,1950-1959年间分离的沙门菌对药物敏感性很高,仅有1株细菌对DOX处于中介值,其余菌株对15种抗生素均敏感;1960-1969年间菌株对CAZ、GM、SPF和CL敏感的菌株有所减少,有4株菌株对SPF处于中介值,有2株分离株对CL耐药;1970-1989年间分离的沙门菌对DOX、GM、SPF和CL均有耐药菌株的产生,总体上处于中介值以上的菌株数量上与60年代差别不大;1990-1999年间,沙门菌耐药性突然增强,超过50%的菌株对AM、TE、SF和CL产生了耐药性,60%的菌株对ENR的药敏性处于中介值;2000-2009年间分离的沙门菌株中,超过了 50%的菌株对AM、SF、TE、DOX、CL和CEF产生耐药性,并且对除美罗培南外的14种抗生素均有耐药菌株的产生。本研究中有23株沙门菌对抗生素耐药,其中5株沙门菌仅对1种抗生素产生耐药性;18株沙门菌对2种及以上抗生素产生耐药性;4重、5重耐药菌株所占比例较大,分别有9株（50%）、6株（33.33%）。对抗生素耐药谱分析共有12个耐药谱,其中AM-TE-DOX-SF为主导耐药谱,所占比例为22.22%,50%的沙门菌仅有1种耐药谱。根据菌株分离时间分析其耐药谱,1990年代主导耐药谱为AM-TE-SF-CL和AM-TE-DOX-SF,2000年代主导耐药谱为AM-TE-DOX-SF-CL,其次为AM-TE-DOX-SF。综合分析各耐药谱发现,共有12株沙门菌含有AM-TE-SF耐药组合,占所有多重耐药菌株的66.67%,该组合应已成为一个固定耐药谱。本研究针对磺胺类、β-内酰胺类、氨基糖苷类、氯霉素类、四环素类和喹诺酮类的耐药基因分别应用14对引物进行检测,其中sul2、blaTEM和tet（A）等3种耐药基因检出量较高,分别占被检样品的76.19%、71.43%和61.90%,aac（6）-1b和floR占23.81%,aacC4和t t（G）占 19.05%,blaOX4 占 14.29%,blaCMY、blaPSE、blaSHV、catA1、qnrA 和qnrB等6种基因未被检出,耐11种以上的两种耐药菌均检出携带有blaOXA、aacC4、aac（6）-1b、floR和tet（A）,此基因组合可能是其成为超级耐药克隆的主要原因。（3）本研究中选用ICR小鼠作为实验动物,建立统一的动物模型,可快速对不同动物源的沙门菌致病性进行比对。根据研究结果,60株沙门菌对ICR小鼠ID50的致病菌量主要集中于107CFU,占总菌株的41.67%,1960-1989年分离菌株ID50致病菌量集中在108CFU,占该时间段分离菌株的50%,2000-2009年间分离的沙门菌毒力最强,ID50中位数为1.41×107,1960-1969年分离的沙门菌毒力最弱,中位数为12.28×107,比较各年代沙门菌菌株间标准差发现其波动幅度较大,表明不同年代菌株间致病性差异明显。研究不同血清型沙门菌的致病性发现,印第安纳沙门菌致病最强,ID50为106CFU,其次为鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌,ID50为107CFU,猪霍乱沙门菌、鸡白痢沙门菌、马流产沙门菌和田纳西沙门菌ID50为108CFU。相同血清型不同菌株比较,鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、田纳西沙门菌和印第安纳沙门菌各菌株ID50相近,猪霍乱沙门菌、鸡白痢沙门菌和马流产沙门菌差异显着;分析沙门菌ST型与致病性关系,ST139致病性最强,ID50为4.4×106 CFU,其次为 ST17 菌株,ID50 菌量为 9×106CFU,ST19、ST11 和 ST92 菌株.ID50 菌量为 107CFU,ST68、ST132、ST251 和 ST319 的 ID50 菌量为 108CFU。比较各 ST 型菌株致病性标准差,ST19、ST11、ST132、ST17和ST319 5种ST型菌株标准差均小于5,菌株间致病性差异不显着,ST68、ST92和ST251标准差约等于10,差异显着。以上结果表明致病性与血清型/ST型存在相互对应关系,血清型/ST型不同,致病性也有差异,同型菌株间的差异程度与致病性强弱无关,仅与型特异性相关。本研究中共22株沙门菌具有耐药性,其中1株超级耐药菌（耐药种类12种）致病性最强,ID50为7×105CFU,其他多重耐药菌株（耐药种类>2）ID50的Med均在107 CFU,1株双重耐药的菌株ID50为1.2×109 CFU,其余仅对一种抗生素有耐药的菌株的ID50为108CFU。基于本研究,我们推断沙门菌耐药性增强能够促进其致病性。结论:（1）研究中60株动物源致病性沙门菌共有7个血清型9个ST型,血清学分型结果与MLST分型结果进行对应比较,大多ST型均可与血清型有比较固定的对应关系,沙门菌分型结果与分离年代有明显相关性。（2）样本中对AM、TE、DOX、SF和CL等五种抗生素产生耐药性的菌株分离率较高,形成一个AM-TE-SF耐药谱（分离率为66.67%）。耐药基因检测方面,blaTEM、sul2和tet（A）等3种耐药基因检出量较高。（3）沙门菌致病性为型特异性特征,仅与沙门菌的血清型/ST型相关。耐药性与致病性关系有待进一步研究证实。
胡亚辰[8]（2019）在《鸡白痢沙门菌基因组流行病学研究》文中进行了进一步梳理肠道沙门菌鸡血清型鸡白痢生物型（Salmonella enterica serovar Gallinarum biovar Pullorum）（以下简称鸡白痢沙门菌）是引起鸡白痢病（pullorum disease,PD）的病原菌,它特异性地感染禽类,可经卵垂直传播,对雏鸡和幼禽致死率极高,严重危害禽养殖业。鸡白痢病曾在世界范围内广泛流行,得益于家禽改良计划,鸡白痢病已经在欧美许多发达国家的商业化家禽中被清除,而在世界其他区域鸡白痢病仍很常见。在中国,鸡白痢病疫情波及范围广泛,阳性检出率居高不下,菌株耐药性逐年升高。快速准确地鉴定病原菌并对其分型是疫病监测和爆发调查的关键。鸡白痢沙门菌无鞭毛且不运动,血清分型无法将其和鸡伤寒沙门菌（S.enterica serovar Gallinarum biovar Gallinarum）区分,因为两者拥有相同的血清抗原式1,9,12:-:-。虽然两者生化表型存在差异,但没有单一可靠生化指标能将两者完全区分。鸡白痢沙门菌分离株存在高度遗传同质性,目前的分子分型方法分辨率有限,难以对分离株进行区分,这使得常规的沙门菌监测方法在鸡白痢病的应用中受到制约。近年来,新一代测序（next-generation sequencing,NGS）技术迅猛发展,使得测序通量不断提升,成本直线下降。在此契机下,细菌全基因组测序（whole-genome sequencing,WGS）成为了流行病学研究的可行性应用。WGS能够实现快速准确的物种鉴定,推断药物敏感性和毒力,以及提供高分辨率的分型。本研究对1962-2014年间在4个国家分离到的97株鸡白痢沙门菌进行全基因组测序。基于核心基因组单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）位点,重建了鸡白痢沙门菌种群演化模型。利用贝叶斯分析推测了鸡白痢沙门菌的突变速率、分化时间和传播历史。通过识别假基因和基因缺失,评估了鸡白痢沙门菌基因组退化程度和趋势,并推测受影响的代谢通路和毒力特征。对基因组中存在的可移动遗传元件（mobile genetic elements,MGEs）进行鉴定,发现了鸡白痢沙门菌耐药性的遗传机制。1.细菌分离株基因组序列分析管线BIGSAP的建立及其在鸡白痢病监测中的应用随着NGS技术的日趋成熟,基因组测序应用于流行病学监测的瓶颈已转向对数据的处理和分析。为此,我们构建了细菌分离株基因组序列分析管线（Bacteria Isolate Genome Sequence Analysis Pipeline,BIGSAP）,它整合了多个数据库和生物信息学工具,实现“一站式”的细菌基因组数据分析,包括测序数据质量控制、基因组组装、物种鉴定、血清型鉴定、分子分型和药物敏感性预测等。它能够将传统微生物实验室需要一周甚至数周才能完整的任务压缩至1小时以内。使用BIGSAP无需实验人员具有相应的生物信息背景,并且结果简单易读,能够满足监测的一般需求。通过BIGSAP分析,我们核实了 97株鸡白痢沙门菌分离株的物种和血清型。识别出8个获得性耐药基因:aadA5、blaTEM1B、dfrA17、strA、strB、sul1、sul2和tet（A）,以及1个基因突变:gyrA（Ser83Phe）。这些耐药基因和突变介导细菌对6类抗生素的耐药性:磺胺类、β内酰胺类、氨基糖苷类、四环素类、二氨基密啶类和氟喹诺酮类药物。鉴定出9个ST型,除已报道的ST92、ST2151、ST2453以外,还发现6个新的ST型:ST3717、ST3720、ST3721、ST3722、ST3723和ST3727。所有ST型只有一个或两个位点差异,属于同一个eBurstGroup,即 eBG4。2.鸡白痢沙门菌系统发育分析揭示鸡白痢病1100年传播历史常规的分子分型方法分辨率有限,难以对鸡白痢沙门菌分离株进行有效区分。在本研究中,我们以鸡白痢沙门菌RKS5078基因组作为参考,在排除重复、缺失和重组区域后,获得4,160,759 bp的核心基因组,基于读序比对的方法,从中识别出6,795个SNP位点。基于核心基因组SNPs的分型方法提供了超常的分辨率,它几乎可以对任意两株分离株进行区分。随后,我们利用最大似然法和贝叶斯法对鸡白痢沙门菌种群进行系统发育分析。我们推断,鸡白痢沙门菌的最早共同祖先（most recent common ancestor,MRCA）出现于公元914年（95%CI 565-1273）,距今约1,100年,估计突变速率为0.80个SNPs/基因组/年,或者1.92 × 10-7个碱基替换/位点/年。现存的鸡白痢沙门菌可分为四个确定的谱系（lineages）,我们将其命名为LⅠ-LⅣ。LⅠ、LⅡ和LⅢ都是中国本土的谱系,LⅢ在1837年（CI95%1782-1889）传入欧洲;LⅣ可能起源于美洲,于1842年（CI95%1778-1902）传入欧洲。传播事件发生的时间与19世纪中期席卷欧洲和美国的“母鸡热（hen fever）”相吻合,当时中国的本土鸡被作为观赏鸟类运往英国和美国,我们据此推断殖民贸易促进了鸡白痢沙门菌在洲际间的传播。3.持续退化的鸡白痢沙门菌基因组:假基因和基因缺失基因组退化是沙门菌宿主适应性形成的普遍机制。我们的研究发现,鸡白痢沙门菌基因组经历了广泛的退化,并且这种退化的趋势仍在持续。我们共发现552个假基因和55个缺失变异,这些变异可能导致660个基因失活。平均每株分离株拥有167个失活基因,其中有122个失活基因是所有鸡白痢沙门菌所共有的。这意味着,约有73%的失活突变在鸡白痢MRCA中已经存在,并通过垂直转移遗传给子代。基因失活在MRCA分化以后并没有停止,平均每株菌株积累了 45个失活基因,平均每年失活0.041个基因。85%的基因失活是由假基因导致的,只有少部分是由缺失变异导致的。鞭毛和菌毛可以介导对宿主细胞的黏附和侵入,并且可以激活模式识别受体,鸡白痢沙门菌丢失鞭毛和菌毛相关基因可能是病原菌避免非特异性炎性刺激的机制。鞭毛基因flhB和flgK在鸡白痢和鸡伤寒分化之前就已经失活,这可能是运动性丧失的直接因素。在LⅠ、LⅡ和LⅢ中,srfABC操纵子出现不同程度的退化,它编码2类鞭毛基因,受到FlhDC的调控。鸡白痢沙门菌MRCA独立失活了 7个菌毛基因:bcfE、stfC、pegCD、steB、lpfE和sefC。LⅢ中的缺失突变导致stfA和fimAI发生截短。基因失活会影响病原体在外部环境中和宿主体内的存活能力,这可能和鸡白痢沙门菌从肠道到系统性生存方式的改变相关。在鸡白痢沙门菌的MRCA中,有8条代谢通路失活,包括血红素合成（hemF）、糖异生（ppsA）、海藻糖合成（treZ）、L-亮氨酸合成（ilvI）、L-异亮氨酸合成（leuD）、4-氨基丁酸合成（gabT）、丙酮酸合成（gpmB）以及尿囊素降解（allD）。多个与物质摄取与分泌相关的转运系统受影响,如硫酸盐和硫代硫酸盐的摄取（cysU）、谷氨酸天冬氨酸的摄取（gltL）、组氨酸转位（hisJ）以及甜菜碱摄取（proW和osmV）等。甜菜碱是一种渗透压保护剂,无法摄取甜菜碱导致细菌难以维持胞内的渗透压,这可能是鸡白痢沙门菌对化学和机械压力的抵抗力明显较弱的原因之一。此外,鸡白痢沙门菌MRCA中torAC和torR失活,导致其可能无法利用N-氧化三甲胺进行厌氧呼吸。4.可移动遗传元件介导鸡白痢沙门菌的毒力和耐药性沙门菌基因组的可塑性得益于侧向基因转移（lateral gene transfer,LGT）,这些获得性基因赋予沙门菌独特的生态和致病特性。我们在鸡白痢基因组中鉴定出丰富的可移动遗传元件（mobile genetic elements,MGEs）,它们是LGT的载体,包括4个原噬菌体,3个小质粒,以及5个耐药质粒。原噬菌体显示出谱系特异性。其中φSPUl是P22样原噬菌体,我们从中发现一个可能的分泌的效应蛋白基因,命名为pipB3。其推定蛋白PipB3包含多个串联的五肽重复基序,与PipB/PipB2存在相似性。PipB/PipB2是沙门菌三型分泌系统的效应蛋白,能够改变宿主细胞的生理功能,促进细菌在宿主组织中存活。φSPU1特异性地存在于中国,尤其是中国中东部的分离株中。(φSPU1与ST104高度相似,后者是鼠伤寒沙门菌DT104所共有的原噬菌体。小质粒相对保守,存在于大多数分离株中。pSPUS1编码毒力基因ipaJ,可能来源于弗氏志贺菌（Shigella flexneri）的侵袭质粒。IpaJSF的C端具有与C39样蛋白酶同源的结构域,其能够切割N-肉豆蔻酰化蛋白,进而影响细胞生长、信号传导、自噬体成熟和细胞器功能。IpaJSPU的C端拥有保守的模体（motif）结构,包括三个与IpaJSF一致的起催化作用的氨基酸残基Cys64、His206和Asp218,这意味着IpaJSPU可能发挥着与IpaJSF相似的功能。大质粒介导的获得性耐药是鸡白痢沙门菌多重耐药性（multi-drugresistance,MDR）产生的主要因素。5个耐药质粒涉及3个不相容群IncX、IncN和IncQ。所有的耐药分支都存在于中国优势谱系LⅠ中,这从侧面反映抗生素过度使用情况在我国普遍存在。多重耐药性的快速增长发生于约1990年以后,晚于各耐药分支的MRCA出现的时间。这说明,耐药菌株早已经存在,而在近20年其种群规模出现显着增长,这可能要归因于禽养殖业抗生素的过度使用。IncX1质粒pSPUR1和IncN质粒pSPUR3潜在危害最大,因为它们分别编码VirB/D4和Trw型T4SS。T4SS是一个多功能性的分泌系统,可通过接合作用,将耐药质粒水平转移给其他受体菌。此外,T4SS还被发现与毒力相关,可能赋予鸡白痢沙门菌更强的致病性,甚至改变其宿主适应性。
刘敏芳[9]（2018）在《水禽沙门菌病临床表征及病原菌生物特性研究》文中提出为了解广东地区水禽源沙门菌的感染情况,发病禽临床表现特征,病原菌的血清型分布、分子分型、耐药现状及耐药基因型流行情况,进而探讨临床表征与血清型、血清型与分子分型以及耐药表型、耐药基因型、分子分型等特性的关联性,本研究对广东地区水禽沙门菌病的临床表征进行总结分类,对沙门菌的血清型、分子分型、耐药性与耐药基因进行了检测分析。本研究于20132017年广东部分地区110例经分离鉴定仅有沙门菌感染的水禽沙门菌病病例的临床表征进行分类,同时选取8种血清型代表菌株对10日龄雏鹅进行人工感染试验。结果显示8个血清型菌株接种雏鹅均表现为急性败血型发病,以肝细胞肿胀、变性坏死,肝血窦扩张充血为特征;在自然病例中,患病雏水禽主要表现为急性败血型与肝绿染萎缩型,患病种水禽临床表征分为急性发病肝坏死型、慢性发病肝萎缩型和慢性发病肝肿胀硬化型;同时雏水禽与种水禽均出现以纤维素性心包炎与肝周炎为特征的急性发病型。表明水禽沙门菌病的临床表征具有多样性,其与致病菌的血清型无直接关系,常可见因家禽感染日龄、抵抗力、生产状态、饲养环境等因素而有不同表现。但不同血清型的沙门菌对致死率高低具有较为明显的差别。本研究从20132017年广东地区238个水禽场送检的316份患病水禽病料中,采用常规方法和PCR扩增分离鉴定了188株水禽源沙门菌,检出率59.49%。采用玻片凝集法测定分离株血清型,结果表明广东水禽源沙门菌优势血清型为鼠伤寒沙门菌（92.02%）,同时存在乙型副伤寒沙门菌、印第安纳沙门菌等8个沙门菌血清型。采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对分离株分子分型,得到62种PFGE-XbaⅠ带型,菌株间相似度在54.1%100%,分为AI 9个聚类簇与11个单一基因型。结果表明,广东分离株分子分型分析具有流行病学意义,PFGE-XbaⅠ带型具多样化,其中11种PFGE-XbaⅠ带型在区域和年份小范围集中流行,32种带型跨区域与跨时间交叉分布呈散在“流行暴发”,不同血清型分离株的PFGE-XbaⅠ带型差异较大,相同血清型的分离株PFGE-XbaⅠ带型一般具有相同图谱型或聚类在一起。采用药敏纸片琼脂法测定188株水禽源沙门菌分离株对17种常用抗菌药敏感性,结果显示分离株对β-内酰胺类与酰胺醇类耐药最严重,耐药率69.15%85.11%;对氨基糖苷类的阿米卡星最为敏感,耐药率仅为8.51%。87.23%的分离株对17种抗菌药物表现多重耐药,其中含有AMP-CAZ-GEN-FFC-TET的耐药谱比例高达51.6%,表明对青霉素类、头孢菌素类、氨基糖苷类、酰胺醇类与磺胺类多重耐药的分离株在广东省呈流行趋势。采用PCR法调查188株水禽源沙门菌分离株对β-内酰胺类、喹诺酮类、酰胺醇类、氨基糖苷类、磺胺类和四环素类耐药基因,并分析耐药表型与耐药基因型、耐药表型与分子分型之间的关系。25个耐药基因检出20个阳性耐药基因,每株分离株含有318个耐药基因,58.51%菌株有10个及以上耐药基因,以aadA1（96.69%）基因检出率最高。结果表明,分离菌耐药基因具有多样性。分析耐药表型与耐药基因型相关性结果表明,12个耐药基因blaCTX-M、blaTEM、blaoxA、aacC2、aph（3’）-1、aac（3）-IV、aadA1、qnrS、qnrA、clmA、floR、tetA、sulⅡ与沙门菌耐药株的产生具有显着或极显着关系。而耐药表型与PFGE分子分型两者间无明显的关联。综上所述,本研究对水禽沙门菌病的不同临床表征进行较为明确的归纳阐述,为水禽沙门菌病的临床诊断提供参考依据。明确了目前我省水禽源沙门菌的优势血清型为鼠伤寒沙门菌及其分子流行病学动态,分离株存在严重的耐药性且耐药基因多样。并初步阐述了水禽源沙门菌的主要生物学特性之间的相关性,为水禽沙门菌病的深入研究及临床防控提供了参考资料。
曹阳[10]（2017）在《1、产ESBLs的伤寒沙门菌多重耐药质粒全基因组测序分析 2、我国非伤寒沙门菌对多粘菌素的耐药现状及耐药机理初步研究》文中研究指明目的 了解一株分离自伤寒病人的产ESBLs的伤寒沙门菌的基因组特征。方法 利用微量肉汤稀释法及ESBL确证实验测定分离株的药物敏感性。运用接合转移试验检测耐药基因及质粒的转移能力,并用S1-PFGE确定可转移质粒的大小。利用PCR及二代测序技术进行耐药基因及质粒全序列测定,了解耐药质粒基因构成及基因组结构特征。结果 该伤寒分离株为产ESBLs菌株,菌株同时携带blaCTX-M-3及blaTEM-1基因,且均位于一个可转移的大质粒pST1481上。质粒DNA全序列测定结果显示,pST1481为一闭合环状DNA分子,大小约54kb,含有78个ORFs,属于IncN质粒家族。质粒骨架区与其他2个大肠杆菌来源、1个肺炎克雷伯菌来源的IncN质粒的相似程度超过90%。一些可移动元件协同blaCTX-M-3、blaTEM-1及aac（6’）-Ib-cr等多个耐药基因插入构成质粒的耐药区。结论 国内首次发现同时携带β-内酰胺酶及喹诺酮类耐药基因的多重耐药伤寒沙门菌,该菌携带的多重耐药质粒可能来源于大肠杆菌,在菌株传播过程中,基因组水平发生进化,通过不断整合、重组,获得相应耐药性。提示应加强耐药监测,特别是不同种属来源耐药基因、耐药元件的检测及转移规律的研究。随着多粘菌素在临床上的应用,已经发现革兰阴性菌对其产生耐药。且最新研究发现,细菌对多粘菌素的抗性显着增加,并通过携带mcr-1基因的质粒介导,将其耐药性传递给其它菌株。多粘菌素作为抗击革兰氏阴性菌的最后一道防线也不再安全。因此,加强对多粘菌素耐药性的监测对指导临床用药具有重要意义。为初步了解我国非伤寒沙门菌对多粘菌的耐药情况,我们从菌种库中随机抽样选取404株沙门菌株,同时测定这些菌株对多粘菌素B及多粘菌素E的药物敏感性,以比较其对多粘菌素B及E最小抑菌浓度（Minimal Inhibitory Concentration,MIC）的分布特点,并根据结果推荐我国非伤寒沙门菌对多粘菌素的耐药判定阈值。结果显示404株沙门菌对多粘菌素B及E的 MIC 范围为≤0.125μg/ml 至>16μg/ml,对多粘菌素 B 的 MIC50、MIC90分别为1μg/ml、8μg/ml;对多粘菌素E的MIC50,MIC90分别为2μg/ml、8μg/ml。优势血清型鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌及德尔卑沙门菌对多粘菌素B及E的MIC值分布不同。以8μg/ml为耐药阈值判定折点,实验菌株对多粘菌素B及E的耐药率分别为10.89%,15.84%;其中食源性沙门菌、人源性沙门菌及动物源性沙门菌对多粘菌素B的耐药率分别为12.50%、17.16%及0.00%（P<0.01）;对多粘菌素E的耐药率分别为8.30%、27.94%及0.78%（P<0.01）。为更全面的了解我国非伤寒沙门菌对多粘菌素B的耐药情况及其机制,我们对菌库中保有的2010～2015年的所有非伤寒沙门菌进行试验,筛选出MIC≥8μg/ml的耐药菌株（以下简称PMB≥8菌株）以分析其特点及机制。同时对所有菌株检测其mcr-1基因的携带情况。结果共筛出118株（2.22%）PMB≥8菌株。对118株PMB≥8菌株（人源74株,食源38株,动物源6株）同时进行16种抗生素的敏感性试验。结果表示,118株PMB≥8的沙门菌株除对亚胺培南全部敏感外,对试验用的16种抗菌药物出现3种以上耐药的多重耐药分离株占比高达55.08%。不同来源的沙门菌对各类抗生素均有不同程度的耐药。发现12株同时耐多粘菌素及三代头孢的菌株。118株PMB≥8菌株种,两种优势血清型为肠炎沙门菌及鼠伤寒沙门菌,其中鼠伤寒沙门菌的多重耐药率高于肠炎沙门菌)（χ2=8.729,P=0.003）,且多重耐药谱更为多样。对两种优势血清型的沙门菌进行PFGE,结果显示肠炎沙门菌PFGE带型较为集中,鼠伤寒沙门菌PFGE带型多样且较分散。对前期404株沙门菌耐药基因的检测中,共发现1株人源鼠伤寒沙门菌携带可转移的mcr-1基因,且该菌株产ESBLs。发现了文献尚未报道的pmrAB突变位点,相关确证实验有待后续进一步研究。总体来看,多粘菌素B的耐药菌株存在一定同源性,与多粘菌素E存在交叉耐药。虽然沙门菌对多粘菌素的耐药率尚处于低水平,但不容忽视,应加强不同来源沙门菌对多粘菌素的耐药监测。
二、甲型副伤寒沙门菌质粒DNA图谱与耐药性的关系（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、甲型副伤寒沙门菌质粒DNA图谱与耐药性的关系（论文提纲范文）
（1）河北省鸡源沙门菌的分离鉴定、毒力与耐药检测（论文提纲范文）
| 缩略词 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 病原学 |
| 1.2 流行病学 |
| 1.2.1 宿主范围 |
| 1.2.2 传染源与传播途径 |
| 1.3 临床症状及病理变化 |
| 1.4 检测方法 |
| 1.4.1 分离鉴定 |
| 1.4.2 分子生物学方法 |
| 1.4.3 免疫学方法 |
| 1.5 致病机制 |
| 1.5.1 毒力质粒 |
| 1.5.2 毒力岛 |
| 1.5.3 菌毛基因 |
| 1.5.4 肠毒素 |
| 1.6 耐药现状 |
| 1.7 耐药机制 |
| 1.7.1 细菌外排作用 |
| 1.7.2 基因突变 |
| 1.7.3 灭活酶和钝化酶 |
| 1.7.4 生物膜的改变 |
| 1.7.5 可移动基因原件介导作用 |
| 1.8 防治措施 |
| 1.8.1 加强净化,控制垂直传播 |
| 1.8.2 加强饲养管理,控制水平传播 |
| 1.8.3 正确使用药物 |
| 1.9 本课题研究的目的及意义 |
| 第二章 河北省鸡源沙门菌的分离鉴定 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 样品来源 |
| 2.1.2 主要仪器设备 |
| 2.1.3 主要试剂及配制 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 细菌的分离与鉴定 |
| 2.2.2 分离菌株的基因组DNA提取 |
| 2.2.3 分离菌株的PCR检测 |
| 2.2.4 沙门菌分离株的血清型鉴定 |
| 2.2.5 菌株保存 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 沙门菌的分离鉴定结果 |
| 2.3.2 沙门菌的PCR鉴定结果 |
| 2.3.3 河北省鸡源沙门菌感染情况 |
| 2.3.4 河北省鸡源沙门菌分离株血清型分布结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 河北省沙门菌分离株的毒力基因检测及致病性试验 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 试验菌株 |
| 3.1.2 主要试剂及仪器 |
| 3.1.3 试验动物 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 基因组DNA提取 |
| 3.2.2 毒力基因的检测 |
| 3.2.3 菌株复苏 |
| 3.2.4 部分鸡源沙门菌分离株的致病性试验 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 分离株的毒力基因PCR检测结果 |
| 3.3.2 毒力基因多重携带情况 |
| 3.3.3 部分鸡源沙门菌分离株的致病性试验结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 河北省沙门菌分离株的耐药表型及耐药基因的检测 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.1.1 试验菌株 |
| 4.1.2 主要仪器设备 |
| 4.1.3 主要试剂及器皿 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 菌种复苏及菌液制备 |
| 4.2.2 药敏试验及判定标准 |
| 4.2.3 基因组DNA提取 |
| 4.2.4 耐药基因的PCR检测 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 耐药表型检测结果 |
| 4.3.2 多重耐药携带与分布 |
| 4.3.3 耐药基因的检测结果 |
| 4.3.4 多重耐药基因的携带情况 |
| 4.4 耐药表型与耐药基因的相关性分析 |
| 4.4.1 β-内酰胺类 |
| 4.4.2 氨基糖苷类 |
| 4.4.3 喹诺酮类 |
| 4.4.4 四环素类 |
| 4.4.5 磺胺类 |
| 4.4.6 氯霉素类 |
| 4.5 讨论 |
| 4.6 小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 发表论文和参加科研情况说明 |
| 论文受资助情况 |
| 致谢 |
（2）纽波特沙门菌基因组流行病学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 文献综述 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 沙门菌基本情况 |
| 1.1 沙门菌属 |
| 1.2 沙门菌病 |
| 1.3 沙门菌血清型 |
| 1.4 沙门菌生物型 |
| 1.5 沙门菌分子分型 |
| 1.6 形态结构及培养条件 |
| 1.7 沙门菌的分类及遗传进化关系 |
| 1.8 基因组结构及功能 |
| 1.9 沙门菌的突变 |
| 2 宿主适应性及毒力分子基础 |
| 2.1 宿主适应性 |
| 2.2 毒力因子 |
| 3 耐药性 |
| 3.1 耐药性概述 |
| 3.2 中美耐药性系统监测现状 |
| 3.3 沙门菌耐药性流行病学概况 |
| 4 纽波特沙门菌流行病学及进化研究进展 |
| 4.1 国外纽波特沙门菌流行现状 |
| 4.2 中国纽波特沙门菌流行现状 |
| 4.3 进化研究进展 |
| 5 全基因组测序技术 |
| 5.1 第二代测序技术 |
| 5.2 第三代测序技术 |
| 5.3 全基因组测序(WGS)技术在食源性病原研究领域的应用 |
| 第二部分 试验研究 |
| 第二章 1996～2015年美国来源纽波特沙门菌耐药分群研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及培养条件 |
| 1.2 运行硬件及操作系统 |
| 1.3 主要环境、软件及软件包 |
| 1.4 统计分析 |
| 1.5 最佳分类器预测分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 人类和动物相关的集群 |
| 2.2 抗生素MIC可区分动物相关亚群 |
| 2.3 与牛和火鸡相关的抗生素耐药性谱 |
| 3 讨论 |
| 第三章 纽波特沙门菌基因型解析菌群分化 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及相关数据 |
| 1.2 菌株培养条件及耐药分类 |
| 1.3 主要试剂及仪器 |
| 1.4 MLST分析 |
| 1.5 MIC试验 |
| 2 结果及讨论 |
| 2.1 种群结构基本情况 |
| 2.2 纽波特沙门菌的地理多样性 |
| 2.3 纽波特沙门菌:一个多疫源的食源性病原 |
| 第四章 1991～2018年中国人源纽波特沙门菌基因组流行病学研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及元数据情况 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.3 二代测序全基因组样品的制备 |
| 1.4 全基因组重测序(illumina平台) |
| 1.5 全基因组重测序(BGISEQ平台) |
| 1.6 基因组数据分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 年龄组分析 |
| 2.2 持续性腹泻与多重耐药遗传决定因子携带菌密切相关 |
| 3 讨论 |
| 第五章 全球基因组解析菌株遗传演化、耐药机制及宿主偏好性 |
| 第一节 纽波特沙门菌基因组种群结构解析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及数据来源 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.3 主要环境、软件及软件包 |
| 1.4 数据拼接、质量控制及血清型预测 |
| 1.5 CoreSNP进化树构建 |
| 1.6 基因组扫描 |
| 1.7 进化树图谱绘制 |
| 2 结果 |
| 2.1 数据的基本情况 |
| 2.2 纽波特沙门菌Core SNPs进化树的特征 |
| 2.3 网状进化与纽波特沙门菌群体基因组 |
| 2.4 耐药基因与各宿主/来源的相关性 |
| 第二节 基于Core SNPs的纽波特沙门菌时空进化分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及数据来源 |
| 1.2 运行硬件及操作系统 |
| 1.3 主要环境、软件及软件包 |
| 1.4 时空分析 |
| 1.5 时空分析图谱的绘制 |
| 2 结果 |
| 2.1 纽波特沙门菌C-Ⅰ分支时空分析结果 |
| 2.2 纽波特沙门菌C-Ⅱ分支时空分析结果 |
| 2.3 纽波特沙门菌C-Ⅲ分支时空分析结果 |
| 2.4 多重耐药IncA/C2质粒与动物源ST45流行菌株相关性 |
| 2.5 以C-Ⅱ为代表的纽波特沙门菌具有较快的进化速度 |
| 第三节 代表菌株的表型试验 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验菌株 |
| 1.2 试剂及饲养条件 |
| 1.3 小鼠攻毒试验 |
| 1.4 斑马鱼攻毒实验 |
| 1.5 线虫杀伤实验 |
| 1.6 生物被膜实验 |
| 1.7 群集运动试验 |
| 2 结果 |
| 2.1 小鼠攻毒试验 |
| 2.2 菌株对斑马鱼及秀丽隐杆线虫的毒力和菌株来源/生境有关系 |
| 2.3 生物被膜 |
| 2.4 群集运动 |
| 2.5 群集运动与生物被膜的关系为负相关 |
| 第四节 泛基因组解析纽波特沙门菌宿主偏好性 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及数据来源 |
| 1.2 主要环境、软件及软件包 |
| 1.3 泛基因组分析 |
| 1.4 毒力基因分析 |
| 1.5 毒力岛及可移动元件分析 |
| 1.6 重组分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 泛基因组热图 |
| 2.2 泛基因组与宿主特异性基因型:特定lineage的特异性基因分析 |
| 2.3 泛基因组中检测毒力岛、可移动元件及毒力基因结果 |
| 2.4 重组现象及与宿主适应过程的关联 |
| 第五节 讨论 |
| 全文结论 |
| 创新点 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 作者简介 |
| 攻读博士期间科研成果 |
| 附表 |
| 附图 |
（3）特定沙门氏菌鞭毛相关假基因的探索研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 文献综述 假基因及其在病原微生物学中的研究进展 |
| 1. 假基因的分类和特点 |
| 1.1 未加工假基因 |
| 1.2 加工假基因 |
| 1.3 环状RNA来源假基因 |
| 2. 假基因的鉴定 |
| 3. 假基因发挥作用的分子机制及其生物学功能 |
| 3.1 假基因可产生具有重要调控作用的各种功能性RNA |
| 3.2 某些假基因具有编码潜能 |
| 3.3 基因多样性的潜在储备库 |
| 4. 假基因与癌症的关系 |
| 4.1 肿瘤组织中的差异表达 |
| 4.2 影响肿瘤细胞增殖 |
| 4.3 影响肿瘤的转移性 |
| 4.4 肿瘤预后与耐药性 |
| 5. 假基因在微生物学方面的研究进展 |
| 5.1 病原微生物中的假基因 |
| 5.2 假基因化对微生物致病性的影响 |
| 5.3 可能有功能的假基因 |
| 6. 讨论与展望 |
| 参考文献 |
| 试验部分 |
| 第一章 鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌鞭毛相关假基因的测序和生物信息学分析 |
| 1. 试验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 序列信息 |
| 1.3 主要试剂 |
| 1.4 主要设备 |
| 2. 方法 |
| 2.1 菌液准备 |
| 2.2 基因组DNA的提取 |
| 2.3 引物设计 |
| 2.4 目的基因的扩增 |
| 2.5 目的基因PCR产物的纯化 |
| 2.6 目的基因克隆载体的构建与鉴定 |
| 2.7 测序结果分析 |
| 3. 结果 |
| 3.1 基因序列分析 |
| 3.2 各假基因突变特征 |
| 3.3 假基因在鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌中的分布 |
| 3.4 鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌中的假基因 |
| 4. 讨论 |
| 参考文献 |
| 第二章 肠炎沙门氏菌鞭毛相关假基因的缺失及其对鞭毛形成和运动性的影响 |
| 1. 材料 |
| 1.1 菌株和质粒 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要设备 |
| 2. 方法 |
| 2.1 肠炎沙门氏菌50336鞭毛相关基因缺失株的构建 |
| 2.2 肠炎沙门氏菌50336鞭毛相关基因缺失株的相应回补株的构建 |
| 2.3 鞭毛相关功能测试 |
| 3. 结果 |
| 3.1 同源打靶片段的制备 |
| 3.2 缺失株构建的鉴定 |
| 3.3 各基因缺失株的测序鉴定 |
| 3.4 回补株的构建结果 |
| 3.5 缺失株和回补株生长曲线的测定 |
| 3.6 半固体平板试验测定菌株运动性 |
| 3.7 单因子检测血清测定细菌表面鞭毛生长情况 |
| 3.8 透射电镜观察细菌表面鞭毛生长情况 |
| 4. 讨论 |
| 参考文献 |
| 第三章 flgK和flhB基因缺失对肠炎沙门氏菌CMCC(B)50336致病力的影响 |
| 1. 材料 |
| 1.1 菌株和细胞 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要设备和耗材 |
| 2. 方法 |
| 2.1 对仔猪空肠上皮细胞IPEC-J2的粘附试验 |
| 2.2 对人结肠癌细胞Caco-2的粘附试验 |
| 2.3 对IPEC-J2细胞的侵袭试验 |
| 2.4 对Caco-2细胞的侵袭试验 |
| 2.5 对鸡巨噬细胞HD-11的侵袭试验 |
| 2.6 对小鼠巨噬细胞RAW264.7的侵袭试验 |
| 2.7 在HD-11细胞内存活能力试验 |
| 2.8 在RAW264.7细胞内存活能力试验 |
| 2.9 数据分析 |
| 3. 结果 |
| 3.1 菌株对IPEC-J2和Caco-2细胞的粘附试验结果 |
| 3.2 菌株对IPEC-J2和Caco-2细胞的侵袭试验结果 |
| 3.3 菌株对巨噬细胞HD-11和RAW264.7细胞的侵袭试验结果 |
| 3.4 菌株在巨噬细胞HD-11和RAW264.7细胞内存活能力试验结果 |
| 4. 讨论 |
| 参考文献 |
| 第四章 基因flgK和flhB假基因化对肠炎沙门氏菌CMCC(B)50336鞭毛形成和运动性的影响 |
| 1. 材料 |
| 1.1 菌株和质粒 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要设备 |
| 2. 方法 |
| 2.1 基于肠炎沙门氏菌的假基因置换株的构建 |
| 2.2 回补株的构建 |
| 2.3 鞭毛相关功能分析 |
| 3. 结果 |
| 3.1 肠炎沙门氏菌假基因置换株和回补株构建结果 |
| 3.2 肠炎沙门氏菌50336菌株flhB和flgK假基因化对鞭毛相关功能影响 |
| 4. 讨论 |
| 参考文献 |
| 第五章 基因flgK和flhB假基因化对肠炎沙门氏菌CMCC(B)50336致病力的影响 |
| 1. 材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要设备和耗材 |
| 2. 方法 |
| 2.1 置换株对IPEC-J2和Caco-2细胞的粘附试验 |
| 2.2 置换株对IPEC-J2和Caco-2的侵袭试验 |
| 2.3 置换株对巨噬细胞HD-11和RAW264.7的侵袭试验 |
| 2.4 置换株在巨噬细胞HD-11和RAW264.7内存活能力试验 |
| 2.5 数据分析 |
| 3. 结果 |
| 3.1 置换株对IPEC-J2和Caco-2细胞的粘附试验结果 |
| 3.2 置换株对IPEC-J2和Caco-2的侵袭试验结果 |
| 3.3 置换株对巨噬细胞HD-11和RAW264.7的侵袭试验结果 |
| 3.4 置换株在巨噬细胞HD-11和RAW264.7内存活能力试验结果 |
| 4. 讨论 |
| 参考文献 |
| 第六章 鸡白痢沙门氏菌假基因ΨflgK和ΨflhB的修复及其鞭毛相关功能分析 |
| 1. 材料 |
| 1.1 菌株和质粒 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要设备 |
| 2. 方法 |
| 2.1 假基因ΨflhB的修复 |
| 2.2 假基因ΨflgK的修复 |
| 2.3 假基因修复株鞭毛相关功能分析 |
| 3. 结果 |
| 3.1 对假基因ΨflhB的修复结果 |
| 3.2 假基因ΨflgK的修复结果 |
| 3.3 生长曲线 |
| 3.4 半固体平板运动性结果 |
| 3.5 玻板凝集试验结果 |
| 3.6 电镜检测细菌表面鞭毛生长结果 |
| 4. 讨论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 创新点 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（4）山东省部分种鸡场死胚中沙门氏菌的鉴定及耐药特性研究（论文提纲范文）
| 符号说明 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 沙门氏菌概述 |
| 1.2 沙门氏菌的生物学特征 |
| 1.2.1 沙门氏菌的形态特性 |
| 1.2.2 沙门氏菌的培养条件 |
| 1.2.3 沙门氏菌的生化特性 |
| 1.2.4 沙门氏菌的致病性 |
| 1.2.5 沙门氏菌的抵抗力 |
| 1.2.6 沙门氏菌的分型 |
| 1.3 沙门氏菌的流行情况 |
| 1.4 沙门氏菌的检测方法 |
| 1.4.1 国家标准方法 |
| 1.4.2 免疫学检测方法 |
| 1.4.3 核酸检测方法 |
| 1.5 沙门氏菌的分子分型方法 |
| 1.5.1 多位点基因序列分型(MLST) |
| 1.5.2 脉冲场凝胶电泳(PFGE) |
| 1.6 沙门氏菌的毒力基因 |
| 1.6.1 毒力岛 |
| 1.6.2 质粒毒力基因 |
| 1.6.3 肠毒素 |
| 1.7 沙门氏菌的耐药机制 |
| 1.7.1 整合子介导的耐药机制 |
| 1.7.2 质粒介导的耐药机制 |
| 1.7.3 细菌细胞膜对抗菌药物通透性的改变 |
| 1.8 本研究的目的和意义 |
| 1.8.1 研究目的 |
| 1.8.2 研究意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 样品来源 |
| 2.1.2 菌株 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.1.4 主要试剂和试剂配制 |
| 2.1.5 药敏纸片 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 样品处理 |
| 2.2.2 沙门氏菌的分离鉴定 |
| 2.2.3 沙门氏菌的PCR鉴定 |
| 2.2.4 沙门氏菌分离株的纯化培养及保存 |
| 2.2.5 沙门氏菌的微生物质谱鉴定 |
| 2.2.6 沙门氏菌血清型的鉴定 |
| 2.2.7 沙门氏菌耐药表型检测 |
| 2.2.8 沙门氏菌的耐药基因的携带情况 |
| 2.2.9 分离沙门氏菌的耐药基因与相对应的抗生素耐药表型的相关性分析 |
| 2.2.10 沙门氏菌的Ⅰ类整合子携带情况 |
| 2.2.11 沙门氏菌的主要毒力基因的检测 |
| 2.2.12 沙门氏菌的MLST分型 |
| 2.2.13 沙门氏菌与J53 接合实验 |
| 2.2.14 沙门氏菌的亲缘关系分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 山东省9个种鸡场沙门氏菌的鉴定结果 |
| 3.1.1 山东省5 个阳性鸡场沙门氏菌的培养特性 |
| 3.1.2 山东省5 个阳性鸡场沙门氏菌的PCR鉴定结果 |
| 3.1.3 山东省5 个阳性鸡场沙门氏菌的微生物质谱鉴定结果 |
| 3.1.4 山东省5 个阳性鸡场沙门氏菌血清型分型结果 |
| 3.1.5 山东省5 个阳性鸡场沙门氏菌的MLST分型结果 |
| 3.1.6 山东省5 个阳性鸡场沙门氏菌的多重耐药情况初步统计 |
| 3.2 百日鸡场沙门氏菌分离株耐药特点分析 |
| 3.2.1 百日鸡场沙门氏菌分离株耐药表型分析 |
| 3.2.2 百日鸡场沙门氏菌分离株的耐药基因以及携带情况 |
| 3.2.3 百日鸡场沙门氏菌分离株的Ⅰ类整合子检测和基因盒特点 |
| 3.3 百日鸡场沙门氏菌分离株的毒力基因统计分析 |
| 3.4 百日鸡场沙门氏菌分离株与J53 的接合实验结果 |
| 3.5 百日鸡场沙门氏菌分离株的亲缘关系分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 山东省9个种鸡场死胚中沙门氏菌的流行情况 |
| 4.2 百日鸡场沙门氏菌分离株的血清分型、MLST分型以及亲缘关系分析 |
| 4.3 百日鸡场沙门氏菌的毒力基因分析 |
| 4.4 百日鸡场沙门氏菌的耐药表型、耐药基因型和质粒耐药基因水平传递分析 |
| 5 结论 |
| 6 创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（5）猪源沙门菌质粒介导的广谱头孢菌素和黏菌素耐药性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表(Abbreviation) |
| 1.前言 |
| 1.1 沙门菌的公共卫生学意义 |
| 1.1.1 食源性疾病的负担 |
| 1.1.2 沙门菌在食源性疾病中的地位 |
| 1.2 沙门菌及其多重耐药性 |
| 1.2.1 细菌的耐药性负担及耐药机制 |
| 1.2.2 沙门菌多重耐药情况 |
| 1.3 质粒介导的耐药性及其分型 |
| 1.3.1 质粒介导的耐药性及其电泳图谱 |
| 1.3.2 质粒的复制子类型 |
| 1.4 广谱头孢菌素和超广谱β-内酰胺酶(ESBLs) |
| 1.4.1 头孢菌素的研究进展及其耐药性 |
| 1.4.2 超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的分类 |
| 1.5 多黏菌素和mcr-1 基因 |
| 1.5.1 多黏菌素的分类和应用 |
| 1.5.2 mcr-1 基因的发现和流行 |
| 1.6 研究目的与意义 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 菌株和载体 |
| 2.1.2 所用培养基及试剂 |
| 2.1.3 主要仪器和设备 |
| 2.1.4 培养基、抗生素及相关溶液的配制 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 沙门菌的复苏与鉴定 |
| 2.2.2 头孢噻肟耐药沙门菌的筛选 |
| 2.2.3 沙门菌药物敏感性的测定 |
| 2.2.4 质粒的提取和分型 |
| 2.2.5 沙门菌ESBLs基因的检测 |
| 2.2.6 ESBLs基因的接合转移试验 |
| 2.2.7 沙门菌mcr-1 基因的检测 |
| 2.2.8 mcr-1 基因的接合转移试验 |
| 2.2.9 接合转移频率的计算 |
| 2.2.10 接合子的药物敏感性试验 |
| 2.2.11 接合子质粒的琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.2.12 重组载体的构建和鉴定 |
| 2.2.13 重组菌黏菌素的药物敏感性试验 |
| 3.结果与分析 |
| 3.1 多重耐药沙门菌的鉴定与耐药情况 |
| 3.2 头孢噻肟耐药沙门菌的筛选 |
| 3.3 耐药菌最小抑菌浓度(MIC)的测定 |
| 3.4 质粒的电泳图谱和复制子类型 |
| 3.4.1 质粒的电泳图谱 |
| 3.4.2 质粒的复制子类型 |
| 3.5 沙门菌ESBLs基因的检测 |
| 3.6 CTX-M耐药基因的分型和测序 |
| 3.6.1 CTX-M基因分组的PCR检测 |
| 3.6.2 CTX-M基因亚型的测序比对 |
| 3.7 ESBLs基因的接合转移 |
| 3.7.1 ESBLs接合子的筛选 |
| 3.7.2 ESBLs接合子的PCR验证 |
| 3.8 mcr-1 基因的检测 |
| 3.9 mcr-1 基因的接合转移 |
| 3.9.1 mcr-1 接合子的筛选 |
| 3.9.2 mcr-1 接合子的PCR验证 |
| 3.10 mcr-1 接合子的药物敏感性试验 |
| 3.11 mcr-1 接合子转移频率的计算 |
| 3.12 mcr-1 接合子质粒的提取 |
| 3.13 重组质粒的构建和鉴定 |
| 3.13.1 目的基因的扩增 |
| 3.13.2 重组质粒的鉴定 |
| 3.13.3 重组质粒的双酶切 |
| 3.13.4 重组菌的药物敏感性试验 |
| 4.讨论 |
| 4.1 多重耐药猪源沙门菌的公共卫生学意义 |
| 4.2 沙门菌的耐药表型和耐药基因型 |
| 4.3 耐药基因的转移性分析 |
| 4.4 质粒的电泳图谱和不相容群类型 |
| 4.5 后期研究展望 |
| 5.结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（6）我国部分地区科瓦利斯沙门菌分离鉴定、耐药性及PFGE分子分型研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩略词或符号表 |
| 1 前言 |
| 1.1 沙门菌概述 |
| 1.1.1 病原学 |
| 1.1.2 沙门菌流行情况 |
| 1.1.3 科瓦利斯沙门菌流行情况 |
| 1.2 沙门菌耐药性现状 |
| 1.3 沙门菌耐药机制 |
| 1.3.1 沙门菌对喹诺酮类药物的耐药机制 |
| 1.3.2 沙门菌对β-内酰胺类抗生素的耐药机制 |
| 1.4 沙门菌毒力基因概述 |
| 1.5 质粒不相容群分型概述 |
| 1.6 生物被膜概述 |
| 1.6.1 细菌生物被膜的耐药性 |
| 1.7 分子分型 |
| 1.7.1 脉冲场凝胶电泳(PFGE)概述 |
| 1.8 研究目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 样品采集 |
| 2.1.2 上海市和广西壮族自治区科瓦利斯沙门菌菌株 |
| 2.1.3 标准菌株 |
| 2.1.4 培养基 |
| 2.1.5 主要试剂 |
| 2.1.6 试剂配制 |
| 2.1.7 耗材 |
| 2.1.8 主要仪器 |
| 2.1.9 抗生素 |
| 2.1.10 引物 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 沙门菌的分离鉴定 |
| 2.2.2 琼脂稀释法测定沙门菌药物敏感性 |
| 2.2.3 喹诺酮类耐药基因检测及鉴定 |
| 2.2.4 β-内酰胺类耐药基因检测及鉴定 |
| 2.2.5 质粒不相容群检测 |
| 2.2.6 生物被膜形成能力的测定 |
| 2.2.7 毒力基因检测 |
| 2.2.8 脉冲场凝胶电泳(PFGE) |
| 2.2.9 统计学数据分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 菌株的分布与来源 |
| 3.2 科瓦利斯沙门菌药敏试验结果 |
| 3.2.1 药敏试验结果及分析 |
| 3.2.2 不同源菌株药敏试验结果及分析 |
| 3.2.3 不同地区菌株药敏试验结果及分析 |
| 3.2.4 科瓦利斯沙门菌多重耐药统计及分析 |
| 3.3 耐药基因检测结果 |
| 3.3.1 QRDR基因突变与PMQR基因检测及测序结果 |
| 3.3.2 ESBLs基因检测及测序结果 |
| 3.4 质粒不相容群检测结果 |
| 3.4.1 不同源菌株质粒不相容群分布 |
| 3.4.2 质粒分型结果与喹诺酮类和β-内酰胺类药物耐药性、耐药基因分布 |
| 3.5 生物被膜形成能力测定结果及抗生素相关性分析 |
| 3.5.1 生物被膜形成能力测定结果 |
| 3.5.2 生物被膜形成能力与抗生素的相关性分析 |
| 3.6 毒力基因检测结果 |
| 3.7 科瓦利斯沙门菌PFGE分子分型结果 |
| 3.7.1 PFGE分子分型结果 |
| 3.7.2 PFGE分子分型结果与耐药性相关性分析 |
| 3.7.3 PFGE结果与生物被膜形成能力相关性分析 |
| 4 全文讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 科瓦利斯沙门菌的流行特征 |
| 4.1.2 科瓦利斯沙门菌的耐药特征 |
| 4.1.3 科瓦利斯沙门菌耐药基因携带情况 |
| 4.1.4 科瓦利斯沙门菌质粒不相容群分型 |
| 4.1.5 科瓦利斯沙门菌生物被膜形成能力 |
| 4.1.6 科瓦利斯沙门菌毒力基因携带情况 |
| 4.1.7 科瓦利斯沙门菌PFGE分子分型 |
| 4.2 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 硕士期间科研成果及获奖情况 |
（7）1950-2009年动物源沙门菌的分型、耐药性及致病性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 沙门菌的分型和耐药机制研究进展(综述) |
| 1. 沙门菌病原学及流行病学特征 |
| 2. 沙门菌分型研究 |
| 2.1 表型分型 |
| 2.1.1 血清分型 |
| 2.1.2 噬菌体分型 |
| 2.2 分子分型 |
| 2.2.1 基于限制性内切酶的分型方法 |
| 2.2.2 基于DNA序列多态性分析的分型方法 |
| 2.2.3 基于PCR扩增的分型方法 |
| 2.2.4 分子血清分型 |
| 3. 沙门菌耐药机制研究 |
| 3.1 生理因素耐药 |
| 3.1.1 药物外排 |
| 3.1.2 酶解作用 |
| 3.1.3 膜通透性改变 |
| 3.2 基因因素耐药 |
| 3.2.1 靶位突变 |
| 3.2.2 质粒介导 |
| 3.2.3 转座子介导 |
| 3.2.4 整合子介导 |
| 参考文献 |
| 第一章 不同时期动物源沙门菌分型研究 |
| 1 材料 |
| 1.1 菌株来源 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 主要试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 菌株复苏 |
| 2.2 血清分型 |
| 2.3 MLST分型 |
| 2.3.1 菌株接种 |
| 2.3.2 DNA提取 |
| 2.3.3 MLST管家基因及引物 |
| 2.3.4 PCR反应 |
| 3 结果 |
| 3.1 各年代沙门菌血清型 |
| 3.2 沙门菌MLST分型 |
| 3.3 沙门菌血清型与MLST分型之间的关系 |
| 4 讨论 |
| 4.1 不同时期沙门菌分型研究 |
| 4.2 沙门菌动物源与分型研究 |
| 4.3 沙门菌MLST分型与血清学分型对应研究 |
| 5 小结 |
| 第二章 不同时期动物源沙门菌耐药研究 |
| 1 材料 |
| 1.1 菌株来源 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 主要试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 药敏敏感性检测 |
| 2.1.1 实验准备 |
| 2.1.2 菌液制备 |
| 2.1.3 菌液接种 |
| 2.1.4 孵育 |
| 2.1.5 观察结果 |
| 2.2 耐药基因检测 |
| 2.2.1 菌株接种 |
| 2.2.2 DNA提取 |
| 2.2.3 引物 |
| 2.2.4 PCR检测 |
| 3 结果 |
| 3.1 各年份沙门菌药物敏感试验结果 |
| 3.1.1 β-内酰胺类药物药敏试验结果 |
| 3.1.2 四环素类药物药敏试验结果 |
| 3.1.3 氨基糖苷类药物药敏试验结果 |
| 3.1.4 磺胺类药物药敏试验结果 |
| 3.1.5 喹诺酮类药物药敏试验结果 |
| 3.1.5 氯霉素类、多肽类药物药敏试验结果 |
| 3.1.7 沙门菌多重耐药性结果 |
| 3.2 不同时期沙门菌耐药基因检测结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 各年代沙门菌耐药性特征 |
| 4.2 耐药基因与耐药表型 |
| 5 小结 |
| 第三章 不同时期动物源沙门菌致病性研究 |
| 1 材料 |
| 1.1 菌株来源 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 主要试剂 |
| 1.4 实验动物 |
| 2 方法 |
| 2.1 菌液接种 |
| 2.2 菌液计数 |
| 2.3 致病性试验 |
| 3 结果 |
| 3.1 沙门菌致病性试验结果 |
| 3.2 沙门菌致病性与血清型、ST型之间的关系 |
| 3.3 沙门菌致病性与耐药性之间的关系 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 参考文献 |
| 全文小结 |
| 致谢 |
（8）鸡白痢沙门菌基因组流行病学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 全基因组测序在沙门菌流行病学研究中的应用 |
| 1 沙门菌流行病学研究现状 |
| 1.1 分类和命名 |
| 1.2 分离和鉴定 |
| 1.3 血清分型 |
| 1.4 药物敏感性测试 |
| 1.5 分子分型及应用 |
| 2 新一代测序技术 |
| 3 测序数据的生物信息学分析 |
| 3.1 从头组装 |
| 3.2 基于参考基因组的读序比对 |
| 3.3 基于WGS的分型方法 |
| 4 WGS在沙门菌流行病学研究中的应用 |
| 4.1 沙门菌感染的in sillico检测、鉴定和特征描述 |
| 4.2 沙门菌耐药性和毒性评估 |
| 4.3 沙门菌流行病学监测和爆发调查 |
| 4.4 沙门菌种群遗传学和演化历史的研究 |
| 参考文献 |
| 第一章 细菌分离株基因组序列分析管线BIGSAP的建立及应用 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 生物信息分析平台 |
| 1.2 菌株 |
| 1.3 全基因组测序 |
| 1.4 BIGSAP的构建 |
| 1.5 rfbS基因突变检测 |
| 2 结果 |
| 2.1 BIGSAP的通用性检测 |
| 2.2 BIGSAP在鸡白痢沙门菌监测中的应用 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 第二章 鸡白痢沙门菌系统发育分析揭示鸡白痢病1100年传播历史 |
| 1 方法 |
| 1.1 缺失区域识别 |
| 1.2 重复区域识别 |
| 1.3 重组区域识别 |
| 1.4 核心基因组SNPs的识别 |
| 1.5 种群结构分析 |
| 1.6 核苷酸替换模型选择 |
| 1.7 基于最大似然法的系统发育分析 |
| 1.8 基于贝叶斯法的系统发育分析 |
| 2 结果 |
| 2.0 核心基因组SNPs统计 |
| 2.1 最佳的核苷酸替换模型、贝叶斯时钟模型和先验树模型 |
| 2.2 鸡白痢沙门菌的四个遗传谱系 |
| 2.3 遗传谱系的分化和传播历史 |
| 2.4 分子钟速率 |
| 2.5 种群规模的动态变化 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 第三章 持续退化的鸡白痢沙门菌基因组:假基因和基因缺失 |
| 1.方法 |
| 1.1 参考直系同源基因数据库的构建 |
| 1.2 假基因的注释 |
| 1.3 缺失和截短基因的注释 |
| 1.4 毒力基因和代谢通路的注释 |
| 2.结果 |
| 2.1 与细菌毒力相关的基因失活 |
| 2.2 与代谢通路相关的基因失活 |
| 2.3 假基因的修复 |
| 3.讨论 |
| 参考文献 |
| 第四章 可移动遗传元件介导鸡白痢沙门菌的毒力和耐药性 |
| 1.方法 |
| 1.1 差异区域识别 |
| 1.2 质粒的识别和组装 |
| 1.3 质粒序列注释 |
| 1.4 原噬菌体的识别和注释 |
| 2.结果 |
| 2.1 原噬菌体决定鸡白痢沙门菌基因组多样性 |
| 2.2 小质粒可能和鸡白痢沙门菌毒力相关 |
| 2.3 多个质粒介导的鸡白痢沙门菌耐药性 |
| 3.讨论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 全文总结 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文目录 |
（9）水禽沙门菌病临床表征及病原菌生物特性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 绪论 |
| 1 沙门菌及其流行概况 |
| 2 沙门菌分型技术研究进展 |
| 2.1 沙门菌血清学分型 |
| 2.2 沙门菌PFGE分子分型 |
| 3 沙门菌耐药研究进展 |
| 3.1 沙门菌耐药现状 |
| 3.2 沙门菌耐药机制 |
| 3.2.1 β-内酰胺类抗菌药物的耐药机制 |
| 3.2.2 氨基糖苷类抗菌药物的耐药机制 |
| 3.2.3 喹诺酮类抗菌药物的耐药机制 |
| 3.2.4 酰胺醇类抗菌药物的耐药机制 |
| 3.2.5 四环素类抗菌药物的耐药机制 |
| 3.2.6 磺胺类抗菌药物的耐药机制 |
| 4 研究目的与意义 |
| 第一章 水禽沙门菌病的临床表征分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 自然感染病例来源 |
| 1.1.2 攻毒试验菌株来源 |
| 1.1.3 攻毒试验动物 |
| 1.1.4 主要仪器和设备 |
| 1.1.5 主要试剂和溶液 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 水禽源沙门菌自然感染病例的临床表征观察 |
| 1.2.2 水禽源沙门菌自然感染病例的禽病理组织学观察 |
| 1.2.3 雏鹅人工感染沙门菌试验 |
| 2 结果 |
| 2.1 水禽源沙门菌自然感染病例的临床症状与眼观病理变化 |
| 2.2 水禽源沙门菌自然感染病例的病理组织学变化 |
| 2.3 水禽源沙门菌自然感染病例的临床表征分类 |
| 2.4 雏鹅人工感染沙门菌的试验结果 |
| 2.4.1 雏鹅人工感染沙门菌的临床症状 |
| 2.4.2 雏鹅人工感染沙门菌的病理变化 |
| 2.4.3 人工感染沙门菌致死雏鹅的病理组织学观察结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 水禽源沙门菌自然感染病例的不同临床表征分类 |
| 3.2 雏鹅人工感染水禽沙门菌病试验 |
| 4 小结 |
| 第二章 水禽源沙门菌的分离鉴定与分子分型 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.1.1 样品来源 |
| 1.1.2 主要仪器设备 |
| 1.1.2 主要试剂 |
| 1.1.3 主要试剂的配制 |
| 1.1.4 引物 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 菌株分离与鉴定 |
| 1.2.2 血清型鉴定 |
| 1.2.3 PFGE分子分型 |
| 1.3 图像数据分析 |
| 1.3.1 电泳图像分析 |
| 1.3.2 数据聚类分析 |
| 1.3.3 数据统计分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 菌株分离鉴定结果 |
| 2.2 血清型分析 |
| 2.3 PFGE分子分型分析(XbaⅠ酶切) |
| 2.3.1 PFGE-XbaⅠ分子分型结果 |
| 2.3.2 不同区域的PFGE-XbaⅠ带型分布 |
| 2.3.3 不同年份的PFGE-XbaⅠ带型分布 |
| 2.3.4 PFGE-XbaⅠ带型频率分布 |
| 2.4 相同血清型的分子分型分析 |
| 3 讨论与分析 |
| 3.1 沙门菌的分离鉴定 |
| 3.2 沙门菌的血清学鉴定 |
| 3.3 沙门菌的分子分型 |
| 4 小结 |
| 第三章 水禽源沙门菌的耐药性分析与耐药基因的检测 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.1.1 菌株来源 |
| 1.1.2 主要仪器 |
| 1.1.3 主要试剂 |
| 1.1.4 主要试验试剂的配制 |
| 1.1.5 引物 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 药物敏感性试验 |
| 1.2.2 模板DNA的提取 |
| 1.2.3 耐药基因的扩增 |
| 1.2.4 目的片段的纯化回收 |
| 1.2.5 PCR扩增片段的连接 |
| 1.2.6 感受态细胞DH5α的制备(氯化铷法) |
| 1.2.7 连接产物转化感受态细胞 |
| 1.2.8 阳性菌落的筛选与鉴定 |
| 1.2.9 PCR阳性菌液的序列测定及分析 |
| 1.2.10 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 药敏试验结果 |
| 2.1.1 沙门菌分离株耐药率 |
| 2.1.2 沙门菌分离株耐药率的分布 |
| 2.1.3 沙门菌分离株的多重耐药性及耐药谱分析 |
| 2.2 沙门菌分离株耐药基因检测结果 |
| 2.2.1 耐药基因检测结果 |
| 2.3 耐药表型与耐药基因型相关性比较 |
| 2.3.1 β-内酰胺类耐药表型与耐药基因型相关性分析 |
| 2.3.2 氨基糖苷类耐药表型与耐药基因型相关性分析 |
| 2.3.3 喹诺酮类耐药表型与耐药基因型相关性分析 |
| 2.3.4 酰胺醇类耐药表型与耐药基因型相关性分析 |
| 2.3.5 四环素类耐药基因型与表型相关性分析 |
| 2.3.6 磺胺类耐药表型与耐药基因型相关性分析 |
| 2.4 耐药表型与PFGE分子分型关系分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 沙门菌耐药试验结果讨论 |
| 3.2 沙门菌耐药基因检测结果讨论 |
| 3.3 沙门菌耐药表型与耐药基因型相关性讨论 |
| 3.4 沙门菌耐药表型与PFGE分子分型的关联性讨论 |
| 4 小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表论文 |
| 致谢 |
（10）1、产ESBLs的伤寒沙门菌多重耐药质粒全基因组测序分析 2、我国非伤寒沙门菌对多粘菌素的耐药现状及耐药机理初步研究（论文提纲范文）
| 缩略词(Abbreviation) |
| 第一部分 产ESBLs的伤寒沙门菌多重耐药质粒全基因组测序分析 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 一、材料 |
| 二、方法 |
| 结果 |
| 一、伤寒沙门菌st1481耐药表型 |
| 二、耐药质粒水平转移能力 |
| 三、质粒图谱及全基因组序列特征 |
| 四、PFGE分型分析 |
| 讨论 |
| 第二部分 我国非伤寒沙门菌对多粘菌素的耐药现状及耐药机理初步研究 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一节 我国非伤寒沙门菌对多粘菌素B及E耐药性的初步研究 |
| 材料与方法 |
| 一、材料 |
| 二、方法 |
| 结果 |
| 一、非伤寒沙门菌对多粘菌素的耐受情况 |
| 讨论 |
| 第二节 2010～2015年我国非伤寒沙门菌对多粘菌素B的药物敏感性及耐药机理初步研究 |
| 材料与方法 |
| 一、材料 |
| 二、方法 |
| 结果 |
| 一、对多粘菌素B的耐受情况 |
| 二、PMB≥8菌株的分子特征分析 |
| 三、多粘菌素耐药基因分析 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 硕士研究生期间发表的论文 |
| 致谢 |
四、甲型副伤寒沙门菌质粒DNA图谱与耐药性的关系（论文参考文献）
- [1]河北省鸡源沙门菌的分离鉴定、毒力与耐药检测[D]. 杨瑞. 河北科技师范学院, 2021(08)
- [2]纽波特沙门菌基因组流行病学研究[D]. 潘航. 浙江大学, 2020(01)
- [3]特定沙门氏菌鞭毛相关假基因的探索研究[D]. 杨溢. 扬州大学, 2020
- [4]山东省部分种鸡场死胚中沙门氏菌的鉴定及耐药特性研究[D]. 宋艳. 山东农业大学, 2020
- [5]猪源沙门菌质粒介导的广谱头孢菌素和黏菌素耐药性研究[D]. 鲁杨超. 华中农业大学, 2019(02)
- [6]我国部分地区科瓦利斯沙门菌分离鉴定、耐药性及PFGE分子分型研究[D]. 马叶本. 华南农业大学, 2019
- [7]1950-2009年动物源沙门菌的分型、耐药性及致病性研究[D]. 岂晓鑫. 扬州大学, 2018(05)
- [8]鸡白痢沙门菌基因组流行病学研究[D]. 胡亚辰. 扬州大学, 2019(06)
- [9]水禽沙门菌病临床表征及病原菌生物特性研究[D]. 刘敏芳. 佛山科学技术学院, 2018
- [10]1、产ESBLs的伤寒沙门菌多重耐药质粒全基因组测序分析 2、我国非伤寒沙门菌对多粘菌素的耐药现状及耐药机理初步研究[D]. 曹阳. 中国疾病预防控制中心, 2017(02)